【科研绘图系列】R语言绘制海洋微生物群落动态分析 - 教程

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文章目录

• • 介绍
  • 加载R包
  • 数据下载
  • 函数
  • 导入数据
  • 数据预处理
  • 画图
  • 总结
  • 系统信息

介绍

海洋微生物群落是海洋生态系统中的重要组成部分，它们在物质循环、能量流动和生物多样性中扮演着关键角色。随着全球气候变化和人类活动的增加，海洋环境正在经历前所未有的变化，这直接影响了微生物群落的结构和作用。为了更好地理解这些变化，科学家们开始利用单细胞转录组学技巧来研究微生物群落的动态变化。本研究利用R语言中的tidyverse、ggpubr和arrow等包，对海洋微生物群落进行了深入分析。

研究中，我们第一加载了多个资料集，包括实验室培养实验、稀释实验和细胞周期分析的数据，以及从其他研究中获得的细胞丰度内容。这些数据集为我们献出了微生物群落在不同条件下的基因表达和丰度信息。接着，我们采用arrow包读取了一个名为“model_results”的模型结果，该模型可能包含了微生物群落对环境变化的响应预测。

借助对这些数据进行整合和分析，大家能够预测不同环境条件下微生物群落的变化。我们特别关注了温度、营养盐浓度和光照等环境因素对微生物群落的影响。通过构建多个统计模型，我们评估了这些因素对微生物群落中特定物种（如Prochlorococcus）的分裂速率的影响。

此外，我们还利用了Bootstrap技巧来评估模型预测的不确定性，并计算了不同环境条件下微生物群落的最佳生长温度。最后，我们生成了多个图表，展示了微生物群落对