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摘要：原文地址：http://javajiao.iteye.com/blog/1506741 R的下载、安转R有很多的版本，支持目前主流的操作系统MAC、Linux和WINDOWS系列。因为我个人是在WINDOWS下用R的，所以在这里将只介绍WINDOWS下R的下载&安装。下载R：你可以从世界各地很多网站上下载到R，官方的中国下载点是：http://www.lmbe.seu.edu.cn/CRAN/bin/windows/base/在我写这篇文章的时候，最新的版本是R-2.2.1版。在网络上有一篇被翻译过来的R入门教材，可以在这里找到 ：R 導論（入門）安装R：1，双击R-2.2.1-win 阅读全文

摘要：SAM是一种序列比对格式标准， 由sanger制定，是以TAB为分割符的文本格式。主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示，当然也可以表示任意的多重比对结果。不同的软件，不同的时期，不同的研究方向，都会创建一种或者多种格式标准，当然根据当时的需要，创建符合需求的标准，也是最容易的事情，而反过来想要真正的理解标准，也必须理解为什么要创建这样的标准，解决什么样的需要。我前面的有篇文章已经对于现有的多重比对的格式进行总结，但其更多的站在比较基因组学的角度。当我们去了解sam标准格式是什么的时候，就要思考既然以及有了这么多得标准，为什么还要定义SAM标准，当然拿所有的格式进行比较也并非易事 阅读全文

摘要：原文链接：http://blog.csdn.net/bangemantou/article/details/7726585Blast，全称Basic Local Alignment Search Tool，即“基于局部比对算法的搜索工具”，由Altschul等人于1990年发布。Blast能够实现比较两端核酸或者蛋白序列之间的同源性的功能，它能够快速的找到两段序列之间的同源序列并对比对区域进行打分以确定同源性的高低。Blast的运行方式是先用目标序列建数据库（这种数据库称为database，里面的每一条序列称为subject），然后用待查序列（query）在database中搜索，每一条que 阅读全文

摘要：本文摘自：http://blog.sina.com.cn/s/blog_4b5039210100ie6a.htmlMatplotlib.pyplot是用来画图的方法，类似于matlab中plot命令，用法基本相同。一.最基本的：例如：In [1]: import matplotlib.pyplot as pltIn [2]: plt.plot([1,2,3])Out[2]: [<matplotlib.lines.Line2D object at 0x06518A10>]In [3]: plt.ylabel('some numbers')Out[3]: <mat 阅读全文