使用conda 对gcc进行升级 (sonicparanoid)

摘要: 由于要是用python 3.6版本的一个包sonicparanoid,但是系统的gcc比较老,所以先用conda创建python环境,在该环境下尽心gcc的安装和升级 conda create --name py3.6 python=3.6 source activate py3.6 conda i 阅读全文
posted @ 2018-07-28 13:02 yangyzh 阅读(3775) 评论(0) 推荐(1) 编辑

在N个元素的数组中获取K个元素的所有组合问题

摘要: 可以写循环,也可以用模块。 百度许久找到一个博客 http://blog.sina.com.cn/s/blog_4a0824490101f1kc.html 详细介绍了Algorithm::Combinatorics 受此启发,又找到了 Math::Combinatorics 由于前面的博客介绍了Al 阅读全文
posted @ 2018-04-19 10:51 yangyzh 阅读(877) 评论(0) 推荐(0) 编辑

利用BioPerl将DNA序列翻译成蛋白序列

摘要: 转自 https://www.plob.org/article/4603.html 具体请去上面的网页查看。 my $DNA="ATGCCCGGT";my $pep=&TranslateDNASeq($DNA);sub TranslateDNASeq{ use Bio::Seq; (my $dna) 阅读全文
posted @ 2017-07-02 11:36 yangyzh 阅读(534) 评论(0) 推荐(0) 编辑

perl模块安装——cpanm

摘要: 下载 wget http://xrl.us/cpanm mv cpanm.1 cpanm 配置 在bashrc或zshrc里面加入下面的几句话 最好把相对路径改成绝度路径(将~换成你根目录的绝对路径) export PERL_LOCAL_LIB_ROOT=$PERL_LOCAL_LIB_ROOT:~ 阅读全文
posted @ 2017-04-12 14:32 yangyzh 阅读(633) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Augustus安装问题 (3.0 以上都适用)

摘要: augustus 3.2 (3.3) 编译失败 原因是依赖boost库,而且需要bamtools,从而导致编译失败 报错1: $ make mkdir -p bincd src && makemake[1]: Entering directory '/home/bio/augustus/august 阅读全文
posted @ 2017-04-06 15:31 yangyzh 阅读(1250) 评论(0) 推荐(1) 编辑

R 画structure图

摘要: id percent k1_B04_WL-1.fs_1 0.021 k31_B04_WL-1.fs_1 0.624 k21_B04_WL-1.fs_1 0.355 k1 K=3 数据输入如上面所示: library(ggplot2) ggplot(b,aes(id,percent,fill=k))+ 阅读全文
posted @ 2017-03-29 16:27 yangyzh 阅读(467) 评论(0) 推荐(0) 编辑

perl ExtUtils::Manifest

摘要: Can't locate ExtUtils/Manifest.pm in @INC (you may need to install the ExtUtils::Manifest module) yum install perl-devel 阅读全文
posted @ 2017-03-27 12:58 yangyzh 阅读(370) 评论(0) 推荐(0) 编辑

解决libstdc++.so.5问题

摘要: ./bowtie2-buildbowtie2-build: error while loading shared libraries: libtinfo.so.5: cannot open shared object file: No such file or directory 系统为 fedor 阅读全文
posted @ 2017-03-23 12:05 yangyzh 阅读(1710) 评论(0) 推荐(0) 编辑

R ggplot2 线性回归

摘要: 摘自 http://f.dataguru.cn/thread-278300-1-1.html library(ggplot2) x=1:10y=rnorm(10)a=data.frame(x= x, y= y) # plot(y~x,data=a) lm_eqn = function(df){m = 阅读全文
posted @ 2017-03-09 19:19 yangyzh 阅读(1387) 评论(0) 推荐(0) 编辑

perl 计算方差中值平均数 Statistics::Descriptive;

摘要: http://search.cpan.org/~shlomif/Statistics-Descriptive-3.0612/lib/Statistics/Descriptive.pmuse Statistics::Descriptive;my @a=(100,88,77,18,79,96,57,88 阅读全文
posted @ 2017-03-09 16:14 yangyzh 阅读(1322) 评论(0) 推荐(0) 编辑