NCBI SRA数据库使用详解以及代码

NCBI SRA数据库使用详解:https://www.plob.org/article/12877.html

下载SRA数据：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/?term=SRR6794064

安装完之后，再控制面板-系统-高级设置-环境变量中添加系统变量，

代码：prefetch SRR6794064 （联网下载，默认存在在C盘，不知道怎么改），

代码：fastq-dump SRR6794064.sra(转换fastq格式)

fastq转换fasta格式:

1.利用Linux命令：awk

2.用法如下：

awk '{if(NR%4 == 1){print ">" substr($0, 2)}}{if(NR%4 == 2){print}}' fastq > fasta

3.上述用法注意事项：

fastq文件必须是解压格式的，不能是gz后缀的，虽然命令也能正常运行，但是查看文件的时候，

发现里面的内容都是乱码的。