药理学相关数据库

 

TCMSP 数据库：

备注：用于中药复方有效成分的检索和筛选，成分-靶点关系的获取，靶点-疾病关系的获取。如果做复方，主要利用该数据库进行 ADME 参数的筛选和分析。

Pubchem 数据库：

备注：该数据库是用来检索化学成分和成分基本信息的数据库，收录了成分的各种基本信息，可以在这个数据库找到成分的 SMILES 文件，以及 SDF 各式的 2D 和 3D 文件，用于后续的成分靶点预测或者分子对接。

ZINC 数据库：

备注：该数据也是一个成分信息的数据库，可以在该数据库中下载到成分的 SDF、MOL2、SMILES 文件，可以作为 PubChem 数据库 的一个补充，在 PubChem 下载不到 MOL2 格式的文件，但是在这里可以。

Swiss Target Prediction：

备注：做单成分靶点研究时，可以使用该数据库来预测成分作用靶点；又比如复方中存在个别药物在 TCMSP 数据库中检索不到成分， 那么就可以使用文献报道的存在于该药物中活性较好的成分，纳入研究，同时使用该数据库来预测靶点。

STITCH 数据库：

备注：该数据库的作用基本同上，优点在于其结果的可信度高。

Target-Prediction 数据库：

备注：该数据库的作用基本同上，优点在于如果有一些新化合物，无法下载到它的 3D 结构文件的话，可以使用该工具提供的绘制成 分结构的工具进行后续的预测工作。

Uniprot 数据库：

备注：该数据库包含全面的蛋白质信息，包括蛋白名称以及对应的标准的基因名称，可以用于蛋白名和基因名的转化。同时还可以用 于查询蛋白的 3D 结构的 PDB ID，选择分辨率较高的蛋白结构。

PDB 数据库：

备注：该数据库包含了蛋白的晶体结构数据，如果用软件进行分子对接，需要从该数据库中下载蛋白的 3D 结构。

SystemsDock 在线分子对接工具：

备注：该数据库是一个在线的分子对接的工具，功能较为强大，可以作为药效团模型预测靶点的验证工具。也可以分析成分与蛋白的 哪个残基作用，可能的结合位点是什么。

TTD 数据库：

备注：该数据库是一个检索疾病相关靶点的数据库，靶点可信度较高。

PharmGkb 数据库: 

备注：该数据库是一个检索疾病相关靶点的数据库。

GEO 数据库：

备注：该数据库包含了很多芯片和测序的原始数据，涉及疾病类型非常广泛，可以方便的对数据进行二次分析。

GCBI 网址: 

备注：该数据库是 GEO 数据库的一个在线分析工具。

Connectivity Map 数据库：

备注：该数据库可以将芯片的表达谱数据和药物成分数据相关联，是将疾病-基因-药物联系起来的重要工具。 Cytoscape 官网：

备注：该网址是 Cytoscape 的官网，官网可以查询最新发布的插件和下载数量较多的插件，并且可以查看插件的具体信息和功能，以 及对应的示例。

BioGRID 数据库：

备注：该数据库是蛋白质相互作用关系数据，要查询蛋白质相互作用关系时可以使用该数据库，该数据库一次只能检索一个基因，但 是出的图比较漂亮。

STRING 数据库: 

备注：该数据库是蛋白质相互作用关系数据，要查询蛋白质相互作用关系时可以使用该数据库，该数据库一次能检索多个基因，结果 可信度比较高。

GENEMANIA 数据库: 

备注：该数据库是蛋白质相互作用关系数据，要查询蛋白质相互作用关系时可以使用该数据库，该数据库一次能检索一个或多个基因， 该数据库的结果包含了实验验证和基于基因共表达等数据预测的结果，当想知道一个靶点潜在的具有相互作用的靶点时，可以使用该 数据库。

IntAct 数据库: 

备注：该数据库是蛋白质相互作用关系数据，要查询蛋白质相互作用关系时可以使用该数据库，该数据库一次能检索多个基因，糅合 了多个数据库，较为全面，但是较高可信度有所降低。

DAVID 数据库: 

备注：该数据库是富集分析的经典数据库，也是最为权威的数据库，可以分析的内容很多很全面。

posted @ 2023-09-25 15:04  CrescentTing  阅读(158)  评论(0)  编辑  收藏  举报