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萧飒
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08 2022 档案

 
获取单个基因的fst信息
摘要:#!/bin/bash echo "par1 is gene,par2 is fst_file" #awk '{(if ($3==gene) print $0}' $2>gene_info grep -i $1 gene_info|awk '{print $2,$3,$4}'>${1}_info w 阅读全文
posted @ 2022-08-24 12:08 萧飒 阅读(13) 评论(0) 推荐(0)
从significant snp 的LD 范围内的SNP,进行finemap定位分析
摘要:#!/bin/bash #set -Eeuo pipefail if [ $# -lt 2 ] then echo "par1 is vcf,par2 is pvalue,sample_size=297" exit fi #vcftools --vcf $1 --freq --out ${1}maf 阅读全文
posted @ 2022-08-23 16:17 萧飒 阅读(193) 评论(0) 推荐(0)
利用peak_snp,找其LD块,并找到其中的基因,然后将LD中的SNP信息变成finemap软件的输入格式
摘要:#!/bin/bash #LD PLOT #author lee echo"par1 is vcf,par2 is top_chr" Genome=/public/home/caisl/lee/genome/rice/msu.gff3 while read chr pos do pos_up=$(( 阅读全文
posted @ 2022-08-23 13:04 萧飒 阅读(152) 评论(0) 推荐(0)
 

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