01 2018 档案

诊断实验评估指标-灵敏度（sensitivity）特异度（specificity）准确度（accuracy）
摘要：在临床上经常会用到诊断试验的手段，用于疾病诊断、病人随访或疗效监测等。判断某一诊断试验的结果是否真实、可靠，是否具有实用性，从而确定合理的医疗决策。 一项诊断试验需要具备能正确的鉴别患病和未患病的能力，以反映患病实际情况的准确程度，这其中涉及到几个重要概念：灵敏度（sensitivity）、特异度（ 阅读全文

posted @ 2018-01-27 16:15 萧飞IDO 阅读(65550) 评论(0) 推荐(0)

ggplot 绘制热图
摘要：生成测试数据 绘图首先需要数据。通过生成一堆的向量，转换为矩阵，得到想要的数据。 1 data <- c(1:6, 6:1, 6:1, 1:6, (6:1)/10, (1:6)/10, (1:6)/10, (6:1)/10, 1:6, 6:1, 6:1, 1:6, 6:1, 1:6, 1:6, 6: 阅读全文

posted @ 2018-01-23 21:14 萧飞IDO 阅读(4677) 评论(0) 推荐(0)

R 语言命令行参数处理
摘要：在unix、windows外部需要调用R脚本执行，然后又需要输入不同的参数，类似shell脚本的命令行参数输入，可以使用Rcript命令实现。 命令格式：Rscript [options] [-e expression] file [args]file表示需要执行的脚本，[options] [-e 阅读全文

posted @ 2018-01-19 11:10 萧飞IDO 阅读(550) 评论(0) 推荐(0)

Shell 数组（2）
摘要：Shell 数组 数组中可以存放多个值。Bash Shell 只支持一维数组（不支持多维数组），初始化时不需要定义数组大小（与 PHP 类似）。 与大部分编程语言类似，数组元素的下标由0开始。 Shell 数组用括号来表示，元素用"空格"符号分割开，语法格式如下： array_name=(value 阅读全文

posted @ 2018-01-16 09:48 萧飞IDO 阅读(222) 评论(0) 推荐(0)

bcftools 为 vcf 文件建索引及合并 vcf 文件
摘要：1. bgzip 压缩 vcf 文件为 gz 文件 bgzip -c T8_B8_TN_20171226190133_TN_haplotyper.vcf >T8_B8_TN_20171226190133_TN_haplotyper.vcf.gzbgzip -c T9_B9_TN_2017122619 阅读全文

posted @ 2018-01-16 09:28 萧飞IDO 阅读(5831) 评论(1) 推荐(1)

Linux 替换^M字符方法
摘要：命令中的^M不是直接输入^和M，是在linux中敲“CTRL-V CTRL-M”生成的，这个需要注意，因为在linux下^M其实是一个字符，你如果直接敲^和M，那就是2个字符了，然后意义也完全不一样。 阅读全文

posted @ 2018-01-11 20:27 萧飞IDO 阅读(643) 评论(0) 推荐(0)

shell 字符串分割方法简介
摘要：备注： arr=($a)用于将字符串$a分割到数组$arr ${arr[0]} ${arr[1]} ... 分别存储分割后的数组第1 2 ... 项 ${arr[@]}存储整个数组 OLD_IFS="$IFS"，用于备份默认的分隔符 IFS=","：变量$IFS存储着分隔符，这里我们将其设为逗号 " 阅读全文

posted @ 2018-01-03 19:35 萧飞IDO 阅读(923) 评论(0) 推荐(0)

shell 数组介绍及相关操作
摘要：引言 在Linux平台上工作，我们经常需要使用shell来编写一些有用、有意义的脚本程序。有时，会经常使用shell数组。那么，shell中的数组是怎么表现的呢，又是怎么定义的呢？接下来逐一的进行讲解，shell中的数组。 数组的定义 何为数组？学过计算机编程语言的同学都知道，数组的特性就是一组数据 阅读全文

posted @ 2018-01-03 19:30 萧飞IDO 阅读(309) 评论(0) 推荐(0)

导航