摘要： 结合class, mode和str三个命令，可以非常有效对数据结构进行探索 阅读全文

摘要： linux系统的大型机上安装R需要在大型机上编译安装R，大型机上操作系统是CentOS 5.4。实际上，参考文献2已经非常详细地列出了如何在linux操作系统上安装R。之所要要写这篇博文，是因为我们现在面临这样一个问题：如果大型机不能从网络直接下载R，而且大型机上的R久久不得更新，同时大型机的管理员不愿意更新R？安装具体步骤：1 在CRAN上下载最新R版本的源代码，即文件以.tar.gz结尾2 解压文件 tar -zxvf R-*（“R-*是R的具体版本文件信息”）并进入解压文件夹3 注意查看“INSTALL”文件，这个文件简要介绍了安装步骤。之后，configure./configure - 阅读全文

摘要： 有关install.packages()函数的详见：R包 package 的安装（install.packages函数详解）R的包（package）通常有两种：1 binary package：这种包属于即得即用型（ready-to-use），但是依赖与平台，即Win和Linux平台下不同。2 Source package: 此类包可以跨平台使用，但用之前需要处理或者编译（compiled）。以下一些常用的包相关的函数：.libPaths()：查看包的安装目录library()：查看已经安装的包目录library(mypackage)：载入mypackage包getOption("d 阅读全文

摘要： 集群：集群是一组协同工作的服务实体，用以提供比单一服务实体更具扩展性与可用性的服务平台。在客户端看来，一个集群就象是一个服务实体，但事实上集群由一组服务实体组成。与单一服务实体相比较，集群提供了以下两个关键特性：· 可扩展性－－集群的性能不限于单一的服务实体，新的服务实体可以动态地加入到集群，从而增强集群的性能。· 高可用性－－集群通过服务实体冗余使客户端免于轻易遇到out of service的警告。在集群中，同样的服务可以由多个服务实体提供。如果一个服务实体失败了，另一个服务实体会接管失败的服务实体。集群提供的从一个出错的服务实体恢复到另一个服务实体的功能增强了应用的可 阅读全文

摘要： 今早在学校bbs十大上上看到一个转帖，十分有意思。·~原封不动搬运过来，mark个~~~~源地址：http://coolshell.cn/articles/8790.html程序算法与人生选择每年一到要找工作的时候，我就能收到很多人给我发来的邮件，总是问我怎么选择他们的offer，去腾讯还是去豆瓣，去外企还是去国内的企业，去创业还是去考研，来北京还是回老家，该不该去创新工场？该不该去thoughtworks？……等等，等等。今年从7月份到现在，我收到并回复了60多封这样的邮件。我更多帮他们整理思路，帮他们明白自己最想要的是什么。（注：我以后不再回复类似的邮件了）。我深深地发现，对于我 阅读全文

摘要： %s/$/\r/g %s/\n//g 在Linux 中，"\n"代表换行符，"\r"代表回车符%s .... /g 这样的搜索替换格式只能保证你在一行中被多次替换，但是一旦你插入了一个行结束符（\n），这个行会中止，当前行不再继续进行替换，因此你显然不能替换为 \n 这样的字符，这样会造成当前行不继续产生后续替换。至于你能够把 \n 作为搜索 pattern 这显然是允许的。在模式中使用的是“\n”，而被替换的内容中却不能使用“\n”，而只能使用“\r”。原因是历史造成的，详情如果有兴趣的话可以查看“:help NL-used-for-Nul”。 阅读全文

摘要： Mothur命令中文解释——Mothur中文简易教程这些是mothur H-Z的目前所有命令的说明的翻译，第二部分。（使用Ctrl+F搜索你所查命令）参看http://www.mothur.org/wiki/Category:Commands 页面上查阅的所有命令我查了一下网上的中文教程，似乎没有。现在国内使用Mothur的人还很少，不过国外有不少做生态的都用到mothur了。毕竟有很多都是命令行操作。前天我还搜到了一个印度人在网上发的询问帖子，想问哪里有关于mothur的简单教程呢，他说mothur官方网站的教程有点难，看不太懂。今天这些命令里有三个可能会比较常用，一个是help，就类似于L 阅读全文

摘要： Mothur命令教程从这个页面http://www.mothur.org/wiki/Category:Commands上查阅的所有命令，根据个人理解翻译了一下。个人能力有限，会有不当之处。A-G (查看时请用Ctrl+F快捷键)Align.check这个命令使你计算16S rRNA基因序列中潜在的错配碱基对数目。如果你对ARB(http://www.arb-home.de/)的编辑窗口熟悉的话，这与计算~，#，-和=这些符号的数目相同。用greengenes的二级结构图谱和esophagus dataset运行这个命令。要运行这个命令，你必须提供FASTA格式的序列文件。Align.seqs这 阅读全文

摘要： 画带标准差的柱状图，除了barplot之外，还需要用到Hmisc包中的errbar。x=read.table("correlation_coefficient_inter-class")y=read.table("correlation_coefficient_between-class")inter=mean(x[,1])between=mean(y[,1])y_mean=cbind(inter,between)mp=barplot(y_mean,ylim=c(0,1), col = c(rgb(216,179,101,maxColorValue=25 阅读全文

摘要： 用R作图的时候（PCA，热图，之类的），经常会遇到需要自行添加图例的情况。这时候我们经常会使用legend函数添加图例。如果自行设定图例的横纵坐标位置，则很难确定图例在图形中的位置，因为每个图的横纵坐标范围并不固定。总不能每个图都频繁调整，找到一个最佳的图例位置吧。（这图例就在中间，不好看）为了画图的简便，legend中位置参数可以使用一些词汇代替（如颜色的指定col=“red”一样，不一定要设定RGB值）The location may also be specified by setting x to a single keyword from the list "bottomr 阅读全文