MAQ/BWA introduction by Li Heng

lh3, map/bwa 的作者. 做比对,发了很多文章. 以下是他在broadinstitute的演讲.

http://www.broadinstitute.org/files/shared/mpg/mpgvideo/nextgen_li_02042010.html

最近用bwa比了个比较复杂的基因组,太慢了,半个月,才完成50Kreads的比对.

soap2的精确性是差些,但还是快呀. 后面要细细整理下比对的算法, 争取在组内能独立开发一个比对库出来.

http://maq.sourceforge.net/