R：计算相对丰度（第二版）

# 清除所有变量
rm(list = ls())

# 设置工作目录
setwd("C:\\Users\\Administrator\\Desktop\\machine learning\\Bar chart")

# 读取txt文件
# 假设txt文件是以制表符分隔，并且第一行为列名
input_data <- read.table("Bac_phylum.txt", header = TRUE, sep = "\t", row.names = 1)

# 计算相对丰度
# 假设输入数据每列为不同样本，每行为不同物种的计数
relative_abundance <- sweep(input_data, 2, colSums(input_data), FUN = "/")

# 保存相对丰度结果
write.table(relative_abundance, "relative_abundance.txt", sep = "\t", quote = FALSE, col.names = NA)

# 打印提示
cat("相对丰度计算完成，结果已保存至 relative_abundance.txt\n")