00 去宿主DNA--bowtie2

1、构建索引

bowtie2-build maizev4.fa maizev4

使用 Bowtie 2 的 bowtie2-build 命令来构建一个maizev4基因组的索引。bowtie2-build 是 Bowtie 2 中用于创建索引的工具，而 Bowtie 2 是一个用于短序列比对的快速、内存高效的工具。下面是这条命令的分析：

• bowtie2-build: Bowtie 2 中用于创建索引的命令。
• maizev4.fa: 输入的 FASTA 格式的基因组文件。该文件包含了maizev4基因组的所有序列信息。
• maizev4: 为创建的索引文件指定的基本名。构建好的索引文件将以此为前缀。

执行完这条命令后，将会生成一系列以 "maizev4" 为前缀的 Bowtie 2 索引文件。这些索引文件可用于后续的序列比对任务。

2、DNA序列比对和分析

bowtie2 -x /10t/wz/SRR_Acc/index/index -1 /10t/wz/SRR_Acc/PRJNA/SRR8185562_1.fastq -2 /10t/wz/SRR_Acc/PRJNA/SRR8185562_2.fastq --very-sensitive-local -p 35 -S /10t/wz/SRR_Acc/bowtie2/SRR8185562.sam --un-conc /10t/wz/SRR_Acc/bowtie2/SRR8185562_unmap 

• bowtie2: 这是Bowtie2程序的名称，用于DNA序列比对。
• -x /10t/wz/SRR_Acc/index/index: -x选项后面是索引文件的路径，即待比对的参考基因组的索引。
• -1 /10t/wz/SRR_Acc/PRJNA/SRR8185562_1.fastq: -1选项后面是第一条PE（paired-end）测序数据的路径。
• -2 /10t/wz/SRR_Acc/PRJNA/SRR8185562_2.fastq: -2选项后面是第二条PE测序数据的路径。
• --very-sensitive-local: 这是Bowtie2的参数选项，使用非常敏感的本地模式进行比对。
• -p 35: -p选项后面是并行线程数，此处设置为35，表示使用35个线程进行比对。
• -S /10t/wz/SRR_Acc/bowtie2/SRR8185562.sam: -S选项后面是输出比对结果的SAM格式文件的路径。
• --un-conc /10t/wz/SRR_Acc/bowtie2/SRR8185562_unmap: --un-conc选项后面是未比对上的read对的输出文件路径，这里是将未比对上的paired reads输出到指定文件中。

通过执行这条命令，Bowtie2将使用参考基因组的索引进行敏感本地比对，并输出比对结果到SAM文件中。同时，未比对上的paired reads会被输出到指定的文件中。此外，该命令还使用35个线程来加速比对过程。