R语言——简简单单FUNGuild

真菌高通量测序后物种分类的功能预测，比对FUNGuild数据库，代码很简单，一招就搞定。

参考文献如下：
Nguyen NH, Song Z, Bates ST, Branco S, Tedersoo L, Menke J, Schilling JS, Kennedy PG. 2016. FUNGuild: An open annotation tool for parsing fungal community datasets by ecological guild. Fungal Ecology 20:241–248.

在微信公众号（坷垃嘟囔）中发送："FUNGuildDatabase"，即可获得FUNGuild的.csv格式的数据库。
FUNGuild数据库展示如下：

OTU数据分类表需要准备成的格式如下：

R语言代码如下：
rm(list=ls())
timestart <- Sys.time()
date <- format(Sys.time(),format="%Y%m%d_%H%M%S")
setwd('C:\Users\zhan\Desktop')

devtools::install_github("brendanf/FUNGuildR")
pacman::p_load(FUNGuildR,tidyverse,openxlsx)

citation("FUNGuildR")

下载数据库

fung <- get_funguild_db()

保存数据库，下次直接本地调用即可

saveRDS(fung, "funguild.csv")

fungdataframe <- data.frame(fung)
write.csv(fungdataframe, paste("FUNGuild",date,".csv"))

从本地调用数据库

fung <- loadRDS("funguild.rds")

myotu <- read.xlsx("192samples_unite8.0originITS9F_4R_otu_taxon_analysis20210312.xlsx", sheet = 4, colNames = TRUE,rowNames = F,check.names = FALSE)
view(myotu)

tax_col为物种分类所在列

fung_guilds <- funguild_assign(myotu, db = fungdataframe,tax_col = "taxonomy")
write.csv(fung_guilds,paste("myotuFUNGuilds",date,".csv"))