动力学学习笔记 2021.11.30 分析peptide THO 混合体系轨迹文件

1.首先解决VMD周期性轨迹显示时胡乱连键问题，用 gmx trjconv 接 -pbc mol ,选择group 0

 

 

 

 2.在VMD载入得到的 md1.gro, md1.xtc 

 3.在VMD save coordinate , 选择最后一帧，去水保存为 _nwat.gro

 4.回到Gromacs 进行周期性扩展/扩胞，设置盒子数为3 3 3 ，距离0 0 0，产生 _nwat1.gro

 5.在Open Bable将 _nwat1.gro转化为PDB，在Maestro 选取最居中的肽段，选中周围10埃的部分，导出PDB