XPCLR

vcftools --vcf groupin.recode.vcf  --remove removelist --recode --recode-INFO-all --out groupin8
sed -i '1953{s/_/-/g}' groupin8.recode.vcf

for((i=1;i<=14;i++));do vcftools --vcf groupin8.recode.vcf --chr Chr$i  --recode --out chr$i.groupin8;done


#for i in {2..14};do sed -i 's/Chr//g' chr$i.groupin8.recode.vcf;done
for i in {2..14};do vcftools --vcf chr$i".groupin8.recode.vcf" --plink --out chr$i"plink";done
for i in {2..14};do plink --file chr$i"plink" --make-bed --out chr$i"plink";done
for i in {2..14};do plink2 --bfile chr$i"plink" --recode vcf  id-paste=iid --out chr$i"plinknew";done

source activate python36XPCLR
for i in {2..14};do xpclr --format vcf --out ./chr$i"outtest" --input chr$i"plinknew.vcf" --samplesA wildlist --samplesB hawaiilist --chr $i --size 50000 --step 20000;done

# pop1为object group即驯化群体；pop2为reference group 即野生群体。