Freesurfer一些常用代码

 以下代码的功能是：基于存储在“Caculating”文件夹下的多个受试者的T1结构像，使用Freesurfer做recon-all处理（非并行）。

#!/usr/bin/env bash
export SUBJECTS_DIR=/yourpath/brain_models
for subj in `ls /yourpath/brain_models/Caculating`
do
        recon-all -s $subj -i /yourpath/brain_models/Caculating/$subj/*.nii.gz -all -qcache  
done