摘要: GOOSE 现已弃用 经过多年的服务,GOOSE接口和支持它的MySQL数据现已弃用 。 在我们进行替换的同时,我们建议寻找一般查询功能的用户在http://rdf.geneontology.org上使用我们的公共RDF端点。 为了帮助理解图形存储的内容,我们提供了一些示例查询和初始文档 。 GOO 阅读全文
posted @ 2018-12-15 10:59 wangshicheng 阅读(2191) 评论(0) 推荐(0)
摘要: GO数据库的信息是非常庞大的,为了有效的检索和浏览GO数据库的信息,官方提供了AmiGO, 可以方便的浏览,查询和下载对应信息,官网如下 http://amigo.geneontology.org/amigo/landing Broswer功能,采用树状结构,提供了GO的层级分类信息,示意图如下 鼠 阅读全文
posted @ 2018-12-15 10:55 wangshicheng 阅读(9369) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 1. GO slim简介 GO slims are cut-down versions of the GO ontologies containing a subset of the terms in the whole GO. They give a broad overview of the o 阅读全文
posted @ 2018-12-14 16:47 wangshicheng 阅读(1499) 评论(0) 推荐(0)
摘要: Overview The following page documents the relations used in the filtered GO ontology. For information on how relations are represented in OBO format, 阅读全文
posted @ 2018-12-14 16:42 wangshicheng 阅读(272) 评论(0) 推荐(0)
摘要: gene ontology为了查找某个研究领域的相关信息,生物学家往往要花费大量的时间,更糟糕的是,不同的生物学数据库可能会使用不同的术语,好比是一些方言一样,这让信息查找更加麻烦,尤其是使得机器查找无章可循。Gene Ontology就是为了解决这种问题而发起的一个项目。 Gene Ontolog 阅读全文
posted @ 2018-12-12 13:59 wangshicheng 阅读(3369) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 该文件每一行都是一个键值对,基本格式为: 键: 值!注释总体结构: 文件头 !包含若干行总体说明 词条1 ![词条类型]占第一行,后跟若干行说明 词条2 !不同的词条可用于描述同一对象的不同方面 . . . !中间可以有若干空白行 !OBO文件中可以在任意地方插入注释,其注释以'!'开头文件头: f 阅读全文
posted @ 2018-12-12 11:36 wangshicheng 阅读(1388) 评论(0) 推荐(1)
摘要: 1.首先你应该在本地安装wingide 6.1版本 2.大多数电脑.py文件都不能以wingide的形式打开(异常苦逼),无论是从“属性”或者是“设置”里面都不可以,无奈之下只能通过修改注册表的方式进行 这样,.py 的文件打开格式就变成了wingide的格式 3.通过ftp,找到需要编辑的.py文 阅读全文
posted @ 2018-12-08 17:17 wangshicheng 阅读(660) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 这是一篇的数据的分析的典型案列,本人也是经历一次从无到有的过程,倍感珍惜,所以将其详细的记录下来,用来帮助后来者快速入门,,希望你能看到最后! 需求:对obo文件进行解析,输出为json字典格式 数据的格式如下: 我们设定 一个trem or typedef为一条标签,一行为一条记录或者是键值对,以 阅读全文
posted @ 2018-12-08 00:53 wangshicheng 阅读(8126) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 修改数据的格式 阅读全文
posted @ 2018-11-29 14:12 wangshicheng 阅读(159) 评论(0) 推荐(0)
摘要: ppt+paper 链接:https://pan.baidu.com/s/14toqjcSJti5ZXT3ff4rwIA 提取码:xgkt 阅读全文
posted @ 2018-11-28 09:20 wangshicheng 阅读(110) 评论(0) 推荐(0)