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一、想要查看ubuntu中安装的python路径 方法一：whereis python 方法二：which python 二、想要查看ubuntu中安装的python版本号 python 阅读全文
posted @ 2018-12-15 18:13
wangshicheng
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1. GO slim简介 GO slims are cut-down versions of the GO ontologies containing a subset of the terms in the whole GO. They give a broad overview of the o 阅读全文
posted @ 2018-12-15 17:38
wangshicheng
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[protocol]GO enrichment analysis <!-- 正文开始 --> 背景： 什么是富集分析，自己可以百度。我到目前也没发现一个比较通俗易懂的介绍。直接理解为一种统计学方法就可以了。 用于查看显著性。 富集分析有很多种，最常见的是GO富集分析。也有pathway富集分析。[p 阅读全文
posted @ 2018-12-15 17:04
wangshicheng
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GO的主要用途之一是对基因组进行富集分析。例如，给定一组在特定条件下上调的基因，富集分析将使用该基因组的注释发现哪些GO术语被过度表示（或未充分表示）。 富集分析工具 用户可以直接从GOC网站的主页进行浓缩分析。此服务连接到PANTHER分类系统的分析工具，该分类系统使用GO注释进行最新维护。PAN 阅读全文
posted @ 2018-12-15 16:52
wangshicheng
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转载：http://feilong.me/2011/01/talk-about-Python-web-framework 说到Web Framework，Ruby的世界Rails一统江湖，而Python则是一个百花齐放的世界，各种micro-framework、framework不可胜数，不完全列表 阅读全文
posted @ 2018-12-15 11:30
wangshicheng
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这部分开始进行基本的富集分析，两类 A：差异基因富集分析（不需要表达值，只需要gene name） B: 基因集(gene set)富集分析（不管有无差异，需要全部genes表达值） ########################################################## 阅读全文
posted @ 2018-12-15 11:18
wangshicheng
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在做转录组分析中，如何从众多差异基因中筛选出目标基因呢? 下面就以一篇文章为例，来看看用什么方法可以缩小差异基因范围，使目标基因挑选更有针对性。 文章案例 Identification of a novel biomarker, SEMA5A, for non-small cell lung car 阅读全文
posted @ 2018-12-15 11:17
wangshicheng
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我们的云平台上的GO富集分析工具，需要输入的文件表格和参数很简单，但很多同学都不明白其中的原理与结果解读，这个帖子就跟大家详细解释~一、GO富集介绍： Gene Ontology（简称GO）是一个国际标准化的基因功能分类体系，提供了一套动态更新的标准词汇表（controlled vocabulary 阅读全文
posted @ 2018-12-15 11:16
wangshicheng
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Gene Ontology（GO）是基因功能国际标准分类体系。GO富集分析是对差异基因等按GO分类，并对分类结果进行基于离散分布的显著性分析、错判率分析、富集度分析，得到与实验目的有显著联系的、低误判率的、靶向性的基因功能分类，该分类即导致样本性状差异的最重要的功能差别。在芯片的数据分析中，研究者可 阅读全文
posted @ 2018-12-15 11:15
wangshicheng
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摘要：
GOOSE 现已弃用 经过多年的服务，GOOSE接口和支持它的MySQL数据现已弃用 。 在我们进行替换的同时，我们建议寻找一般查询功能的用户在http://rdf.geneontology.org上使用我们的公共RDF端点。 为了帮助理解图形存储的内容，我们提供了一些示例查询和初始文档 。 GOO 阅读全文
posted @ 2018-12-15 10:59
wangshicheng
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GO数据库的信息是非常庞大的，为了有效的检索和浏览GO数据库的信息，官方提供了AmiGO, 可以方便的浏览，查询和下载对应信息，官网如下 http://amigo.geneontology.org/amigo/landing Broswer功能，采用树状结构，提供了GO的层级分类信息，示意图如下 鼠 阅读全文
posted @ 2018-12-15 10:55
wangshicheng
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