摘要: 从1977年Sanger发明“双脱氧链终止法”DNA测序技术起,基因组神秘的面纱一点一点的被揭露。 从小至几千碱基的噬菌体基因组到数百万碱基的细菌基因组,再到三十亿碱基的人类基因组,每一步都值得记录在人类探索自然、认识自身的篇章中。 而这些成果背后的重要一环——基因组组装,无疑是一个在研究中足够”美 阅读全文
posted @ 2017-10-27 15:15 walle2008 阅读(1388) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 二代测序大大提高了测序的通量,伴随而来的基因组也遍地开花,但在构建高质量的参考基因组方面仍然不能令人满意。随着新的测序技术如三代/光学/Hic的出现,使得构建高质量的参考基因组更加高效。对于一些重要的研究对象,一个参考基因组显然是不足以满足研究需求的。以两篇16年发表的人的基因组文献为例,对构建高质 阅读全文
posted @ 2017-05-24 14:23 walle2008 阅读(543) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 春夏之交,蚊虫渐起,香甜的睡眠中被嗡嗡的虫鸣吵起,赶又赶不走,找又找不到,可谓是最痛苦的体验之一了。昨晚卧室被蚊子侵入了,可恼没有准备驱蚊水,半宿无眠,配图体验感受: 其实对于人类而言,蚊子的危害更在于它是许多病原传播的媒介。其中,做为黄热病、登革热、寨卡等多种病毒的传播媒介——伊蚊,可谓是“最毒之 阅读全文
posted @ 2017-05-24 11:48 walle2008 阅读(650) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 之前总结的有关Pacbio RSII测序数据QC的一些基本知识。 Part 1. 下机数据 用一个下机数据作为示例: 在analysis文件夹中,下机的数据被分割为三个文件进行存储,其中以bax.h5为后缀的是原始二进制文件;以subreads.fasta / subreads.fastq为后缀的是 阅读全文
posted @ 2017-05-24 09:16 walle2008 阅读(9554) 评论(0) 推荐(0) 编辑