随笔分类 -  生物信息

对有关推理方法的理解---支离破碎篇
摘要：去年底博士老板从国外电话让我做推理，于是一头雾水，完全没有概念。看了一些论文，在南开数学听了一堆，也仍毫无头绪，是不是推理就是柯南+狄仁杰。。后来就是备课一堆搁置一边。 最近看了一些浙大吴飞老师讲的他做的因果推理，总觉得有点像贝叶斯；但是苏州的师兄他弄的推理是基于模糊集隶属度函数的。 然后改本子时候 阅读全文
posted @ 2020-04-08 15:42 [6G]蓝色の云风 阅读(136) 评论(0) 推荐(0)
对生物信息学基础的补习
摘要：弄综述就是在把各门各派都如数家珍记一遍。找到川大的生物信息学课程，发现他们的课程很直接，重要的就三部分： 序列比对 系统发生树 蛋白质结构和功能预测 这阵忙过去先补一下这几部分。 阅读全文
posted @ 2020-04-03 23:10 [6G]蓝色の云风 阅读(147) 评论(0) 推荐(0)
手语数据标注的问题
摘要：最近实验室师兄要求读论文，而且要找数据集标注数据。之前没做过图像数据标注的问题。但是根据参加各种学术会议听报告，其实就是对手势的关键帧进行处理。 虽说标注图像数据是个低级的活，但是入门需要这个。前几年市里学科学术会议看过其他学校做这方面的，比如用kinect，先找标数据的工具，有自动的也有手动的，手 阅读全文
posted @ 2020-04-01 10:35 [6G]蓝色の云风 阅读(264) 评论(0) 推荐(0)
查到的一些印度、西亚和非洲的计算机研究
摘要：MIT和stanford还是众星云集，不过忽然发现学术会议中开始出现印度、西亚和非洲的一些大学，说明这些地方的研究有很多的进展。于是查了一下几所。 首先还是印度理工。看了一下他们计算机系的教授，比国内清华还是强一些，虽然清华近年论文数量猛增。起码IIT的CS，发STOC论文一点不虚。 http:// 阅读全文
posted @ 2020-03-31 21:42 [6G]蓝色の云风 阅读(152) 评论(0) 推荐(0)
对生信中一些词最近查到的理解,拓展到图中的若干
摘要：去年在驾校等车看了几本生物医学的书，但是很多单词查了字典也不知道是什么意思。最近备完课用到这些书把一些没弄清的词记一下。 比如de novo mutation，表示新生突变。但是在生信的论文，比如中南李敏老师组de bruijn图的论文de novo指新的基因组装配。 https://zhidao. 阅读全文
posted @ 2020-03-28 09:23 [6G]蓝色の云风 阅读(168) 评论(0) 推荐(0)
positive-sense和negtive-sense的区别
摘要：去年和师兄讨论决定目前的方向是做RNA，这个和最近的病毒主题也有很多关系，毕竟RNA和疾病的发病是有关的。 在看文献遇到有的论文说positive-sense和negtive-sense，相关资料的说法是negtive-sense是编码序列的对称序列。那么positive-sense序列就一定都编码 阅读全文
posted @ 2020-03-22 16:10 [6G]蓝色の云风 阅读(1160) 评论(0) 推荐(0)
医学细胞生物学笔记2
摘要：前一阵基本看完了书的大部分内容。但是主要跟自己研究密切相关的还是细胞间信息传递这部分。于是单独拿出做个笔记。 细胞间的信息传递主要由细胞外信号分子介导，其中一些细胞外信号分子向远处的细胞传递信息，而另一些分子仅传递信息给邻近的细胞。 信号转导：细胞外信号分子通过与细胞膜上或胞内的受体特异性结合，将信 阅读全文
posted @ 2019-09-21 14:15 [6G]蓝色の云风 阅读(385) 评论(0) 推荐(0)
医学细胞生物学笔记1
摘要：毕业前跟去山东当老师的同学讨论时，他问什么是组学？虽然搞生物信息，但是具体也没有给他解释清楚。最近医学细胞生物学书里第一章我看到有相关的描述，于是总结一下。 现在的组学研究，个人理解狭义上就是指基因组学和蛋白质组学。这里所谓的组，就是指一套相对完整的遗传物质，包括基因和基因间的DNA总和，即基因组， 阅读全文
posted @ 2019-08-29 08:52 [6G]蓝色の云风 阅读(802) 评论(0) 推荐(0)
敏感性和特异性的理解笔记
摘要：写专利时，查找关于使用离散数据结构用于分子相互作用预测文献中，把敏感性和特异性也关注了一下。 之前和师兄合作论文的时候，只是死记硬背TP、TN等指标，但是仔细回想以前讨论时候师兄实际已经和实验室的同学用实例说明了这个问题，而且服务计算国际会议上也有老师提问过其他讲者这个问题。 对于敏感性sensit 阅读全文
posted @ 2019-08-27 10:46 [6G]蓝色の云风 阅读(1178) 评论(0) 推荐(0)
关于KO信息
摘要：最近写大论文查到KO也是可以用于分类的一种信息。 如何使用KEGG进行通路富集http://blog.sciencenet.cn/blog-364884-779116.html kegg 数据库学习笔记 http://blog.sina.com.cn/s/blog_83f77c940102wtqq. 阅读全文
posted @ 2019-03-10 13:56 [6G]蓝色の云风 阅读(198) 评论(0) 推荐(0)