摘要：在结核菌中，以12SNP为阈值判断菌株间是否为近期传播。利用生物信息学方法从原始测序结果得到各菌株的SNP文件，通过互相比较得到两个文件：（1）各菌株间相互比较的情况，格式为：菌株AVS菌株B SNP距离，总行数为n*(n-1)/2 （2）利用文件1得到近期传播的菌株列表接下来要把这些菌株串起来，形 阅读全文

摘要：关于结核分枝杆菌的进化中，最简单的判断菌株受到选择压力的方法就是看是否存在明显的平行进化特征。因此，利用进化树和相关测序数据，可以进行相关判断。import sysimport refrom collections import Iterable#将进化树进行简化tree=""for row in 阅读全文