配置LINUX服务器和GEO数据处理

1. 服务器端Anaconda安装&配置

1.1 下载Anaconda安装包

wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2022.05-Linux-x86_64.sh

1.2 安装

bash Anaconda3-2022.05-Linux-x86_64.sh

1.3 虚拟环境创建&使用

创建虚拟环境，命名为ncbi

conda create -n ncbi

查看当前所有环境

conda info -e

激活虚拟环境ncbi

source activate ncbi

在环境中安装R

conda install r-base

查询包的网址

https://anaconda.org/search

通常R语言包以r为前缀，以seurat为例，r-seurat，可得到安装命令为：

conda install -c conda-forge r-seurat

2. 本地终端安装&配置

2.1 Xshell7安装&配置

Xshell7用于在本地端连接服务器

下载安装（家庭和学校用户的免费许可证）

https://www.xshell.com/zh/xshell-download/

登录账号密码a。

2.2 FileZilla安装&配置

FileZilla用于本地端和服务器端的文件传输

客户端下载

https://filezilla-project.org/download.php?type=client

打开客户端，填写主机、用户名、密码、端口。

服务器端文件压缩&解压缩参考

https://blog.csdn.net/songbinxu/article/details/80435665

3. 工作流程

• 打开 http://10.60.111.81:8787/ ，输入账号密码
  
• 如遇到如下状况

  > library(seurat)
  Error in library(seurat) : there is no package called ‘seurat’

  则需要安装相应的包

• 在terminal中，首先连接web网络 export http_proxy=59.72.109.166:35239 export https_proxy=59.72.109.166:35239 

• 然后在以下网址查询包的安装命令

  https://anaconda.org/search

  通常R语言包以r为前缀，以seurat为例，r-seurat，可得到安装命令为：

  conda install -c conda-forge r-seurat

4. Linux常用命令

　　文件夹 GSE213216_RAW  　　压缩包 GSE213216_RAW.tar

• 进入文件夹  cd GSE213216_RAW 
• 退出文件夹 cd ../ 
• 列出文件夹内容 ls  
• 解压缩GSE213216_RAW.tar到GSE213216_RAW tar -xvf GSE213216_RAW.tar -C GSE213216_RAW