2017年7月2日

生信概念之

摘要： 1.contig：A contig (from contiguous) is a set of overlapping DNA segments that together represent a consensus region of DNA 从reads拼接出来的更长的序列。 2.k-mer：k 阅读全文

posted @ 2017-07-02 14:47 青萍，你好 阅读(1524) 评论(0) 推荐(0)

生信概念之global alignment VS local alignment

摘要： 阅读全文

posted @ 2017-07-02 14:37 青萍，你好 阅读(1119) 评论(0) 推荐(0)

R/Bioconductor包的下载和安装，升级

摘要： R包：基本包（自动加载）和推荐包（安装R时也会下载，但需要手动加载），拓展包（其他包，手动加载）。 安装好的包将被放在一个指定的目录下。这个目录被称为库(Library)。当需要使用到某一个包的时候，通过运行library()函数来加载软件包，其过程就是到库中去寻找需要加载的软件包，并将其命名空间加 阅读全文

posted @ 2017-07-02 12:15 青萍，你好 阅读(5826) 评论(0) 推荐(1)

转：cufflinks之cuffmerge，cuffdiff

摘要： 转自：http://yangl.net/2016/06/03/cufflinks/ 1. Cuffmerge简介 2. 使用方法 3. 使用参数 4. Cuffmerge输出结果 1. Cuffdiff简介 2. Cuffdiff使用方法 cuffdiff主要是发现转录本表达，剪接，启动子使用的明显 阅读全文

posted @ 2017-07-02 10:06 青萍，你好 阅读(3515) 评论(0) 推荐(0)

转：cufflinks的用法之cufflinks

摘要： 转自：http://yangl.net/2016/06/03/cufflinks/ Cufflinks下主要包含cufflinks,cuffmerge,cuffcompare和cuffdiff等几支主要的程序。主要用于基因表达量的计算和差异表达基因的寻找。 1. Cufflinks简介 Cuffli 阅读全文

posted @ 2017-07-02 10:03 青萍，你好 阅读(1695) 评论(0) 推荐(0)

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