原始测序数据申请和下载（小白向）

1.确定自己需要的数据类型、格式

　　（1）样本类型（组织、血液）、样本数、年龄……

　　（2）数据的格式：vcf、原始测序数据fastq/bam？

2.发邮件

　　（1）怎么找发给谁？　在文章末尾找到Data avilable。

　　（2）怎么发？礼貌、注意邮件内容简洁，邮件格式附合要求。邮件要正式因为是学术邮件，之后可以作为凭证的。所以如果是机构开头用Dear Sir or Madam,如果不知道对方的职位用Dr.XX，如果知道就用Prof.等。如果介意对方弄错自己的性别，就可以自己主动提供自己的性别信息。

　　（3）不回复怎么办？多发几次，从各个角度说你自己的理解，哪怕很青涩，但是表达的是你的看法和诚意，爱自己的作品成果的人早晚会理你的。如果实在不理，那就赶紧换。

（4）发邮件的时候一定要说清楚自己的目的，最终的需求是什么，不要大段啰嗦。

3.查看官网给予的数据申请访问的条件和说明

　　（1）弄清楚申请流程

　　（2）列出申请需要的材料和对方官网中的要求

　　　　一般会让你写你研究的用途，所以需要你自己提前写好。写清楚研究的科学问题、背景、方法、手段、你需要的数据类型和数据量、以及你需要的数据和你研究的相关性。

　　（3）进行注册提交申请表

 

注意事项：

第一件事情，明确自己要什么样的数据，课题需要什么类型的，不要闷头找！！！

给机构或者老师发送的申请的邮件，一定要介绍你的实验室，并且抄送给老板。

给老板汇报的时候一定要说清楚，要什么为什么，申请和花钱对实验室有什么好处。

从文章中看到的数据的类型和种类，去数据所在的平台找！会有意外之喜（我的经验之谈

找作者要，有时候是困难的，通讯找不到找一作，都不回复，找你老板，再没用就真的没办法了。因此看着最麻烦的有时候是最简单的，所以建议填写机构申请协议，签字盖章发邮件申请（主要是要求都写好了，约明确越高效

如果有别人处理好的原始数据，有vcf文件为什么不用！！节约时间多好！

 

 

数据下载

（1）确定下载流程

（2）搞清楚网页上每一个选项的意思：

例如：会让你选是tumor还是paired tumor-normal还是germline的数据

还有样本的类型：autopsy尸检, cell line细胞系, diagnose, germline, metastasis,relapse, xenograft
尸检, 细胞系, 诊断, 生殖系, 转移, 复发, 异种移植

（3）按照流程下载，结算的内容也要想好