摘要：
我们前面四次教程，已经完成单细胞数据的预处理了，包括质控，归一化，高可变基因筛选，降维。现在，我们就要开始单细胞测序的正式分析了，细胞类型注释等，在开始介绍细胞类型注释前，我们先来了解一下聚类。对于生物学家而言，聚类一词可能有点晦涩，因为这个词是机器学习领域里的概念。所以本章将详细讲解聚类的缘由以及 阅读全文
posted @ 2024-06-20 14:21
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前言提到，在过去两天的教程中，我们讲解了使用omicverse进行单细胞测序数据的预处理的一些思想。关于omicverse的使用文档与安装教程可以参考我们的readthedocs. 如前所述，单细胞RNA测序（scRNA-seq）是一种高通量测序技术，它产生的数据集在细胞和基因数量上都具有很高的维度 阅读全文
posted @ 2024-06-20 14:21
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摘要：
前言提到，在过去两天的教程中，我们讲解了使用omicverse进行单细胞测序数据的质控以及归一化的一些思想。关于omicverse的使用文档与安装教程可以参考我们的readthedocs. 就是，本系列教程是我带本科生所用到的，所以概念会尽可能地通俗，详细，但对于急于求成的人，可能不是一个很好的教程 阅读全文
posted @ 2024-06-20 14:19
Starlitnightly
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1. 背景 在前面的教程中，我们从数据集中删除了低质量的细胞，包括计数较差以及双细胞，并将数据存放在anndata文件中。由于单细胞测序技术的限制，我们在样本中获得RNA的时候，经过了分子捕获，逆转录还有测序。这些步骤会影响同一种细胞的细胞间的测序计数深度的变异性，故单细胞测序数据中的细胞间差异可能 阅读全文
posted @ 2024-06-20 14:19
Starlitnightly
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目前，国内对于单细胞测序分析的教程五花八门，百花齐放，一个合适且准确的pipeline对于分析是很有价值的。2023年在 Nat Rev Genet上发表的一篇论文Best practices for single-cell analysis across modalities，详细介绍了单细胞最佳 阅读全文
posted @ 2024-06-20 13:53
Starlitnightly
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作者：starlitnightly 日期：2023.07.14 !!! note 楔子 从事单细胞分析也有一段时间了，国内大部分中文教程都是使用R语言进行分析，使用Python的还比较少，或者是直译scanpy的教程，不过scanpy可能已经比较旧了。在这里，我们参考了Single cell bes 阅读全文
posted @ 2024-06-20 13:51
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