[置顶] MD常用命令总结
摘要： Packmol + Moltemplate packmol < packmol.inp moltemplate.sh -pdb model_box.pdb system.lt mpirun -np 16 lmp -in Layer.in 将Materials studio的文件转化为LAMMPS可用 阅读全文
posted @ 2026-04-18 20:35 sqzzfb 阅读(37) 评论(0) 推荐(0)
2026年5月11日
MSD分析-基于MDAnalysis
摘要： import MDAnalysis as mda from MDAnalysis.analysis import msd import matplotlib.pyplot as plt import numpy as np import pandas as pd # 1. 加载轨迹文件 # 如果你有 阅读全文
posted @ 2026-05-11 21:54 sqzzfb 阅读(71) 评论(0) 推荐(0)
2026年4月18日
LAMMPS in文件范例
摘要： units real # timestep 1 fs boundary p p p atom_style full bond_style harmonic angle_style harmonic dihedral_style harmonic improper_style cvff pair_st 阅读全文
posted @ 2026-04-18 20:34 sqzzfb 阅读(17) 评论(0) 推荐(0)