摘要:
使用sratoolkit的fastq-dump命令转换后得到的fastq文件可以接着使用fastqc和multiqc进行质控,fastq可以对数据出具HTML报告,multiqc可以将不同数据样本的HTML报告进行整合成一个总的HTML文件,便于查看测序数据的质量; 1.对数据进行质控分析 1 #! 阅读全文
摘要:
Trim Galore是对FastQC和cutadapt的包装。适用于所有高通量测序,包括RRBS(Reduced Representation Bisulfite-Seq )、 Illumina、Nextera和smallRNA测序平台的双端和单端数据。主要功能包括两步:第一步首先去除低质量碱基, 阅读全文