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Seurat Dimplot, Vlnplot画图时报错，Error in setup_panel_guides(..., self = self) : unused argument (list(~features.plot, ~id)) pdf(paste0("EBV_GaC", "_Marke 阅读全文
posted @ 2024-04-10 10:46
何帅
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### 1. Download demo singlecell sequencing data ###wget http://cf.10xgenomics.com/samples/cell-exp/3.0.0/pbmc_10k_v3/pbmc_10k_v3_filtered_feature_bc_m 阅读全文
posted @ 2024-02-28 09:21
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报错 安装 seurat-wrappers包时报错,需要Seurat >= 5.0.0 加载seurat-wrappers包时 namespace ‘Seurat’ 4.4.0 is already loaded, but >= 5.0.0 is required library(SeuratWra 阅读全文
posted @ 2024-01-05 22:19
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安装velocyto.R报错，找不到boost_filesystem lboost_system install_github("velocyto-team/velocyto.R") Downloading GitHub repo velocyto-team/velocyto.R@HEADSkipp 阅读全文
posted @ 2024-01-05 22:07
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安装R包infercnv时报错 提示 textshaping, ragg, gert依赖包安装无法安装 具体每个包会有不同的报错，分别如下 textshaping包出现问题 trying URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/textshaping 阅读全文
posted @ 2023-11-09 22:37
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Scanpy数据结构：AnnData AnnData是python中存储单细胞数据的一种格式 1. AnnData数据结构： 主要包含四个slots：X contains the expression matrix.obsm contains the embeddings data.obs cont 阅读全文
posted @ 2022-05-08 09:59
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HOMER 是一套用于Motif查找和二代数据分析的工具。HOMER 中的工具是使用Perl 和C++编写的，是Linux command line based。HOMER 这个软件是一个大杂烩，能解决几乎所有的高通量测序数据的分析。（这里，我们仅仅是介绍Motif查找这个功能） 1.HOMER软件 阅读全文
posted @ 2022-04-25 08:17
何帅
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如何极大减少Seurat对象保存时间 Seurat R 包无疑目前大家进行单细胞分析最长用的包之一，Seurat分析时将每一步结果都存在了Seurat 对象的不同slots中，好处是计算的所有信息得以保留，然而同时也会造成文件过大，难以保存和读取。对于2万个细胞以下也许不成问题，但当细胞数超过10万 阅读全文
posted @ 2022-04-08 17:10
何帅
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R package sf, install.packages("sf") ERROR * installing *source* package ‘sf’ ... ** package ‘sf’ successfully unpacked and MD5 sums checked ** using 阅读全文
posted @ 2020-07-26 21:37
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conda 或者 pip 安装包时报错，提示ModuleNotFoundError: No module named 'tqdm.auto'，要求安装tqdm包。 出现该报错的原因是python 包tqdm无故损坏。tqdm是一个报告python安装进度条的包，只要涉及到新包的安装或者旧包的更新都依 阅读全文
posted @ 2025-07-31 14:54
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Startrac软件分析TCR报错，Error in dcast(cls.tran.index.df, Var2 ~ Var1, value.var = "pIndex.tran") 详细错误如下： [2025-05-08 15:54:50.166619] initialize Startrac . 阅读全文
posted @ 2025-05-08 16:08
何帅
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解决ls: relocation error: /lib64/libacl.so.1: symbol getxattr, version ATTR_1.0 not defined in file libattr.so.1 with link time reference 参考：https://www 阅读全文
posted @ 2023-11-25 22:22
何帅
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安装R包systemfonts时报错fatal error: ft2build.h: No such file or directory > install.packages("systemfonts")trying URL 'https://mirrors.e-ducation.cn/CRAN/s 阅读全文
posted @ 2023-11-12 13:01
何帅
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安装Rcpp时报错“error: ‘::timespec_get’ has not been declared” with conda root package 解决方法： In my case, I run conda upgrade -c conda-forge --all to have ac 阅读全文
posted @ 2023-11-10 00:45
何帅
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