数据科学工具 Jupyter Notebook 教程(二)

Jupyter Notebook 是一个把代码、图像、注释、公式和作图集于一处,实现可读性分析的交互式笔记本工具。借助所谓的内核(Kernel)的概念,Jupyter Notebook 可以同时支持包括 R、python2、python3、Ruby 在内超过50多种不同编程环境。


基于 Kernel,Jupyter Notebook 可以支持的编程语言:

(其实 Jupyter Notebook 可以支持的编程语言,远不止这几种。下图只是个不完全列表。)

5134f7ee-78bc-4b55-a63c-6ff074791f01.png


说了那么多,开始今天的主题:如何在 Jupyter Notebook 实现 python2 与 python3 自由切换,主要分为两步:

1. 分别在 python2 和 python3 环境中安装 ipykernel 内核。

2. 为当前用户(--user),或者指定路径(--prefix)注册 IPython kernel spec,即把内核的信息写到指定的 kernel.json


关于 2 需要注意以下 5 点:

  • --user 与 --prefix 不能同时使用。

  • 使用 --user ,IPython kernel spec 默认安装到当前用户 ~/.local/share/jupyter/kernels 或者 ~/.ipython/kernels

  • 使用 --prefix ,后接 IPython kernel spec 自定义安装路径。

  • 不用 --user --prefix ,IPython kernel spec 默认安装到 /usr/local/share/jupyter/kernels 或者 /usr/share/jupyter/kernels

  • IPython kernel spec 安装可以使用 python -m ipykernel install,也可以使用 ipython-kernel-install 命令,两者是一样的。

4cef4a1f-082a-4e73-a18b-f25aeef58941.png




为了更好地说明,下面我们来实际操作一下。


Python 命令直接安装

# python2 环境(默认)
$ python -m pip install ipykernel
$ python -m ipykernel install --prefix=/Bio/Anaconda2.5/

# python3 环境
$ /Bio/Anaconda2.5/envs/python3/bin/python -m pip install ipykernel
$ /Bio/Anaconda2.5/envs/python3/bin/python -m ipykernel install --prefix=/Bio/Anaconda2.5/ --name "python3"



也可以使用 conda 命令安装:

# python2 环境(root)
conda install -n root ipykernel
python -m ipykernel install --prefix=/path/to/install --name "python2"

# python3 环境
conda install -n python3 ipykernel
/path/to/python3 -m ipykernel install --prefix=/path/to/install --name "python3"



最后,检查安装好的 kernels:

$ jupyter-kernelspec list
Available kernels:
  python2    /Bio/Anaconda2.5/share/jupyter/kernels/python2
  python3    /Bio/Anaconda2.5/share/jupyter/kernels/python3



可以看到,python2 和 python3 的 kernel 已经安装好了,我们在命令行输入 jupyter notebook ,在 web 页面的 "新建笔记(New)" 中就可以看到支持自由切换的 python2 和 python3 环境:


7bb99e59-b4ec-4569-8dff-c81420a2309a.png



27597520-5204-43c5-9078-756e9c8b41d9.jpg

本文分享自微信公众号 - 生信科技爱好者(bioitee)。
如有侵权,请联系 support@oschina.cn 删除。
本文参与“OSC源创计划”,欢迎正在阅读的你也加入,一起分享。

posted @ 2017-12-30 20:38  章鱼猫先生  阅读(113)  评论(0)    收藏  举报