生信收藏夹

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1.数据库

• RiceENCODE--水稻
• PlantTFDB--植物转录因子数据库
• JASPAR--转录因子结合位点数据库
• CIS-BP--转录因子motif数据库
• RAP-DB--水稻基因组注释数据库
• MSU--水稻基因组注释数据库
• UniProt--蛋白质数据库
• ENA--European Nucleotide Archive
• funRiceGenes--水稻基因
• 植物(拟南芥)转录组数据库
• 植物Chip-seq数据库
• 植物基因组数据库
• ReMap2022--整合DNA结合位点实验数据库
• ChIPHub植物调控组
• 拟南芥网络-AraNet
• 拟南芥基因调控信息服务-AGRIS
• 拟南芥信息资源网

2. RNA-Seq

• RNAseq---Hisat2 标准输出中比对率信息解读
• 统计量面面观之基因表达的组织特异性

3. 作图-R/Python

• Rtsne使用说明----画t-SNE聚类图(R)----画t-SNE聚类图(Python)

4. 软件教程

• GENIE3和GRNBoost2使用教程
• ChIPseeker peek注释
• ChIP-Seq多个生物重复call peak指标idr
• 学习使用txDB对象