03 2018 档案

摘要：参考：https://www.cnblogs.com/xiaojikuaipao/p/7190779.html https://blog.csdn.net/ygyxl/article/details/79742751 GO 注释主要有两种方法：序列相似性比对（BLAST）和结构域相似性比对（Inte 阅读全文

摘要：主页使用说明http://snpeff.sourceforge.net/SnpEff_manual.html。 下载解压即可使用（java）。 一、建库 （1）已有2500个基因组的库，直接下载。 查看已有库：$ java -jar snpEff.jar databases 下载库：$ java - 阅读全文

摘要：参考http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/manual.shtml Bowtie： 25-50 nucleotides Bowtie 2：50-1000 nucleotides 1. 建立索引 $ bowtie2-build file.fasta fil 阅读全文

摘要：SNP鉴定的标准流程有三个步骤： 一、mapping 使用BWA MEM将每个样本的测序数据比对到组装的参考序列。建立索引和比对： $ bwa index ref.fa $ bwa mem –t 40 ref.fa read1.fq read2.fq >aln-pe.sam 二、转换 $ samto 阅读全文

摘要：BWA 阅读全文