2018 年 1月随笔档案 - 冰冻三丈

Diamond软件比对蛋白质数据库

摘要：参考文章http://www.biotrainee.com/thread-1465-1-1.html http://blog.sina.com.cn/s/blog_83f77c940102vny3.html 1. 下载、安装下载地址：https://github.com/bbuchfink/dia 阅读全文

posted @ 2018-01-31 17:56 冰冻三丈阅读(3423) 评论(0) 推荐(0)

Blast+比对软件

摘要：转录组注释离不开Blast+，需要比对到NCBI nt nr等数据库。 1. 软件下载：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ 如：ncbi-blast-2.7.1+-x64-linux.tar.gz，解压后可用。 2. 阅读全文

posted @ 2018-01-31 16:58 冰冻三丈阅读(1001) 评论(0) 推荐(0)

cd-hit 转录本聚类

摘要：可以将Trinity.fasta最长转录本作为unigenes，也可以使用其他软件，如GTICL和cd-hit。一般GTICL和cd-hit得到的unigenes比Trinity软件得到的数量要多，有人指出在GTICL和cd-hit的结果中能找到自己想要的基因，而在最长库中有的难以找到。 1. 安装阅读全文

posted @ 2018-01-23 15:48 冰冻三丈阅读(1686) 评论(0) 推荐(0)

De novo转录组组装

摘要：1. Trinity安装需要安装bowtie2。下载：https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/releases $ make $ make plugins 安装其他组件 $ echo 'PATH=$PATH:/.../' >> ~/.bashr 阅读全文

posted @ 2018-01-19 17:52 冰冻三丈阅读(1250) 评论(0) 推荐(0)

fastp处理数据

摘要：参考：https://mp.weixin.qq.com/s/yBsUwsMSexxzt2erL_y21g 1. 安装下载地址 http://opengene.org/fastp/fastp 使用 chmod a+x ./fastp 增加该文件的可执行权限，然后就可以使用了。 $ chmod 777 阅读全文

posted @ 2018-01-19 14:19 冰冻三丈阅读(1170) 评论(0) 推荐(0)

01 2018 档案