VASP NEB计算

注意事项：

• MEP路径上出现中间能量比两端低的情况
  • 检查下初末结构优化是否合理，如果在端点附近，意味着NEB找到了端点结构附近能量更低的结构，只需替换掉端点的结构即可
• NEB计算建议关闭对称性（ISYM = 0 or -1）
• 类似几何优化，建议逐步优化！ 
  • start with fast low-precision calculations and gradually improve the precision till desired accuracy is achieved
•  初末态结构，原子坐标信息注意一一对应
  • 这里有个坑，如果A和B两个构型对应的某个原子分数坐标是0.000000和1.000000，这意味着两者并不相邻！必要时平移并wrap下！常常初始化结构对好时，优化后会出现这类问题
• 提交任务时，使用的CPU一定要是中间images数目的整数倍
• CI-NEB comments
  • CI-NEB方法只需要很少的点，比如包含初、末态总共5个甚至3个点就能准确定位过渡态，是最有效率的寻找过渡态的方法之一. 注意: 在网上看到一些说法CI-NEB插点越多越好，这是错误的结论！！由于能量最高的点可以自动爬坡，所以有的时候插一个点也可以精确的找到过渡态的位置，大多数时候插3到4个点已经完全能应付正常的过渡态计算需要.
• SS-NEB (VC-NEB)计算时，需要LNEBCELL = T, ISIF=3, IOPT=3
• POSCAT在0x文件夹下，外部只需要INCAR, KPOINTS, POTCAR和提交任务脚本
  • Generally a primary INCAR file must be located in the root directory. Most of the other files, including KPOINTS, POTCAR, POSCAR can either reside in the subdirectories (named 00, 01, 02...) or in the root directory. The files in the subdirectories take precedence over those in the root directory.
• VTST NEB计算相关脚本
  • 原子位移：

    dist.pl is/CONTCAR fs/CONTCAR

  • 插点：

    nebmake.pl ../is/CONTCAR ../fs/CONTCAR 3

  • 用POSCRA生成动画来检查插值合理性：

    nebmovie.pl 0 

  • nebspline插值并得到MEP
• MEP横坐标表示 root sum squared distance between configuration files，每个点代表一种原子分布构型（称之为image）
  • VTST中，mep.eps是以dist.pl距离为横坐标，能量为纵坐标画出的能势垒图

NEB计算INCAR相关参数设置
VTST	VASP
ICHAIN = 0 # 开启NEB计算 LCLIMB = .TRUE. # 用CI-NEB方法算TS IBRION = 3 # 结合POTIM=0，关闭VASP，启用VTST POTIM = 0 # 如上 IOPT = 3 # 粗优化：IOPT=3,7；精优化：IOPT=1,2 IMAGES = 3 # 反应路径插了3个点 SPRING = -5 # 约束不同IMAGES之间的力 EDIFF = 1E-5 # 电子步的收敛标准 EDIFFG = -0.05 # 离子步的收敛标准，在粗算中就是个摆设 NSW = 100 # 粗算中50-100均可 LNEBCELL = T # 开启SS-NEB，结合ISIF=3和IOPT=3	IBRION = 3 # 初始结构（路径）感觉不太好，可以用IBRION = 3，一般不能用2 POTIM = 0.2 # 一般0.2可以满足大部分的情况 SPRING = -5 # 约束不同IMAGES之间的力 IMAGES = 3 # 反应路径插了3个点 EDIFF = 1E-5 # 电子步的收敛标准 EDIFFG = -0.05 # 离子步的收敛标准，在粗算中就是个摆设 NSW = 100 # 粗算中50-100均可