bowtie2用法

单端：

bowtie2 -U 文件名 -p 进程数 1>结果保存位置

双端（两个文件）：

bowtie2 -1 双端文件1 -2 双端文件2 1>结果保存位置

双端（单个文件）：

bowtie2 --interleave 文件名 -p 进程数 1>结果保存位置

 

常用参数含义：

参数名	含义
--no-unal	结果中不输出未比对上的reads
--no-head	结果中不输出最前面的@开头行
-x	数据库地址