08 2017 档案
摘要：转载：http://fhqdddddd.blog.163.com/blog/static/1869915420124131096557/ MISA工具提供批量识别和定位简单重复序列(SSR)，EST序列或是基因组序列都可以。另外，还提供一个与批量设计引物Primer3的接口工具，通过这个工具，可以把
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摘要：转载：http://boyun.sh.cn/bio/?p=1711 这里对多重序列比对格式(Multiple sequence alignment – MSA)进行总结。在做系统演化分析、序列功能分析、基因预测等，都需要涉及到多重序列比对。特别是当需要用不同软件对多重比对序列进行批量操作时，会遇到各
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摘要：转载：http://fhqdddddd.blog.163.com/blog/static/1869915420107188527933/ 参考资料： http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sitemap/samplerecord.html 18个子库的缩写和全称如下。事实上如果做过
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摘要：GT：样品的基因型（genotype）。两个数字中间用’/'分 开，这两个数字表示双倍体的sample的基因型。0 表示样品中有ref的allele； 1 表示样品中variant的allele； 2表示有第二个variant的allele。 因此： 0/0 表示sample中该位点为纯合的，和re
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摘要：转载：http://www.cnblogs.com/nkwy2012/p/6027157.html 在写脚本处理文件系统时，经常需要加载很多模块。其中好多有用函数分散在各种不同的模块中。它们有些是Perl的内置函数，有些是在同Perl一起发行的标准模块中，另外一些是通过CPAN安装的。 下面来看15
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摘要：转载：http://www.cnblogs.com/nkwy2012/p/6016320.html 一般来说，将文档的名称作为参数传递给perldoc命令，即可查阅该文档。比如下面，给定文档名称perltoc，就会显示所有内置文档的目录： 你也许会对perlsyn文档的内容感兴趣，该文档主要描述Pe
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摘要：https://github.com/twbattaglia/RNAseq-workflow Introduction RNAseq is becoming the one of the most prominent methods for measuring celluar responses.
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摘要：转载：http://www.zilhua.com/2081.html 参考资料：http://bioinfo.mc.vanderbilt.edu/NGS/software.htm 1. Mapping BFAST: A fast and accurate tool for mapping of sh
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摘要：转载：http://www.zilhua.com/2222.html http://gridscheduler.sourceforge.net/htmlman/ SGE作业调度系统的简介 一、常见的几种作业调度系统 Condor是一个资源管理和作业调度系统，是来自Wisconsin-Madison大
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摘要：转载：http://www.cnblogs.com/nkwy2012/p/6418669.html 转载自http://www.zilhua.com 在本博客中，所有的软件安装都在服务器上，且无root权限。理论上适合所有的用户。 我的安装目录 cd /home/zilhua/software 1、
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摘要：转载：http://www.cnblogs.com/nkwy2012/p/6362996.html SAM是Sequence Alignment/Map 的缩写。像bwa等软件序列比对结果都会输出这样的文件。samtools网站上有专门的文档介绍SAM文件。具体地址：http://samtools.
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摘要：转载：http://blog.csdn.net/soyabean555999/article/details/62235577 一、转录组还是基因组？ map常用的工具有bowtie/bowtie2, BWA,SOAP1/SOAP2等。这个问题又会被分成两个问题，是基因组测序（DNA-seq）还是转
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摘要：转载：http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240101nidy.html 网址：http://cd-hit.org ；http://www.bioinformatics.org/cd-hit/ ； 下载：http://www.bioinformatics.org
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摘要：转载：http://blog.sina.com.cn/s/blog_5ecfd9d90100ksui.html http://www.docin.com/p-704735699.html 与之前的blast相比，新的blast+将blastn,blastx等合作与blastall命令分隔开来，对各个
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摘要：转载：http://www.cnblogs.com/xudongliang/p/7283733.html data <- data.frame(mean = c(10, 15), sd = c(12, 17))rownames(data) <- c("case", "control") par(lw
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摘要：转载：庐州月光 http://www.cnblogs.com/xudongliang/p/6907733.html 三代测序下机的原始数据不再是fastq格式了，而是换成了hdf5 格式，在做三代数据的分析之前，有必要先搞清楚hdf5 这种文件格式; 转载：庐州月光 http://www.cnblo
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摘要：转录本(transcript)长度范围 3214482 到3671498 3214482--3216021 3216022--3216024 3216025--3216968 3421702--3421901 3670552--3671348 3671346--3671348 3671349--36
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摘要：参考博客：http://www.cnblogs.com/xudongliang/tag/perl/ 1、perl 模块的创建以及制定perl 模块的路径 （1）创建一个Myfun.pm模块。 #/usr/bin/perl package Myfun; use warnings; use strict
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摘要：转载：http://www.cnblogs.com/xudongliang/p/6497465.html 嵌合体序列：由来自两条或者多条模板链的序列组成，示意图如下： 在PCR反应中，在延伸阶段，由于不完全延伸，就会导致嵌合体序列的出现，以上图为例， 在扩增序列X的过程中，在序列延伸阶段，只产生了部
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摘要：http://note.youdao.com/share/?id=312fa04209cb87f7674de9a9544f329a&type=note#/ https://davetang.org/wiki/tiki-index.php?page=SAM 编辑距离Edit Distance：从字符串
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摘要：IDPASE https://github.com/bdeonovic/IDPASE.jl Prepare necessary input files （1）FASTQ file of your hybrid-Seq data ##cat fq1 fq2 cat fq1 fq2 >fq (2) PS
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摘要：https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format9 1、Variant Call Format(VCF) Example 2、Gene Predictions (Extended)（GPD） The following definition is u
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摘要：1、formatdb -i /share/nas1/huangt/project/IsoSeq/BMK170104-E545-03-a/Analysis_T01/MoveRebundant/T01/combined/all_sizes.quivered_hq.fasta -p F -o T -n T
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摘要：转载：http://blog.sina.com.cn/s/blog_6721167201018jik.html Change Logs：13/01/12: 增加了一篇文献，外加一些无聊的修改。12/08/20: 修正了一个代码错误；增加了对-rf(Read filters)参数的说明。12/08/1
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摘要：转载：http://blog.sina.com.cn/s/blog_6721167201018fyw.html GATK (全称The Genome Analysis Toolkit)是Broad Institute开发的用于二代重测序数据分析的一款软件，里面包含了很多有用的工具。 网址：http:
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摘要：le final.snp.list | perl -lane '{$a+=1;print "$a\t$F[0]\t$F[1]\t$F[1]"}' | less >snp_site le final.indel.vcf |grep -v '^#' | less -S|perl -lane '{$a+=
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摘要：1. SAM格式说明 SAM代表Sequence Alignment/Map格式，是一种制表符分隔的文本格式，包含一个可选的头部分（header section，有人称之为“注释部分”），和一个比对部分（alignment section）。如果包含头部分，那么头部分必须置于比对部分之前。头部分的行
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摘要：一、更改文件属性 1、chgrp：更改文件属组 语法： 参数选项 -R：递归更改文件属组，就是在更改某个目录文件的属组时，如果加上-R的参数，那么该目录下的所有文件的属组都会更改。 2、chown：更改文件属主，也可以同时更改文件属组 语法： chown [–R] 属主名 文件名 chown [-R
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摘要：转载http://www.cnblogs.com/itcomputer/p/4888438.html /proc/cpuinfo文件分析 根据以下内容，我们则可以很方便的知道当前系统关于CPU、CPU的核数、CPU是否启用超线程等信息。 <1>查询系统CPU的个数：cat /proc/cpuinfo
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摘要：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/tsa/ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/tsaguide ###TSA提交流程 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/tbl2asn2/ ###
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