06 2017 档案

10、RNA-seq for DE analysis training（Mapping to assign reads to genes）
摘要：1、Goal of mapping 1）We want to assign reads to genes they were derived from 2）The result of the mapping will be used to construct a summary of the cou 阅读全文
posted @ 2017-06-30 17:12 风中之铃 阅读(335) 评论(0) 推荐(0)
9、IPA通路分析相关网页教程
摘要：IPA FAQ: http://ingenuity.force.com/ipa/IPATutorials# ####有各种相关教程和帮助文件。 IPA 分析结果展示： http://www.lucidusbio.com/pro/showproduct.php?lang=cn&id=32 IPA从头手 阅读全文
posted @ 2017-06-28 14:17 风中之铃 阅读(1264) 评论(0) 推荐(0)
3、perl进阶
摘要：1、条件判断与循环结构（if (unless) while(until) for foreach next　last　redo） if (unless) 关系运算符： 数字关系运算符（>,>=,<,<=,==,!=） 字符串关系运算符（gt,ge,lt,le,eq,ne） 数字中0是假，其余是真；字 阅读全文
posted @ 2017-06-21 22:05 风中之铃 阅读(835) 评论(0) 推荐(0)
8、Transcriptome Assembly
摘要：Created by Benjamin M Goetz, last modified on Jun 29, 2015 Created by Benjamin M Goetz, last modified on Jun 29, 2015 Created by Benjamin M Goetz, las 阅读全文
posted @ 2017-06-18 20:56 风中之铃 阅读(355) 评论(0) 推荐(0)
7、RNAseq Downstream Analysis
摘要：Created by Dennis C Wylie, last modified on Jun 29, 2015 Created by Dennis C Wylie, last modified on Jun 29, 2015 Created by Dennis C Wylie, last modi 阅读全文
posted @ 2017-06-18 20:54 风中之铃 阅读(662) 评论(0) 推荐(0)
6、RNA-Seq Analysis Pipeline
摘要：Created by Dhivya Arasappan, last modified by Dennis C Wylie on Nov 08, 2015 Created by Dhivya Arasappan, last modified by Dennis C Wylie on Nov 08, 2 阅读全文
posted @ 2017-06-18 20:51 风中之铃 阅读(849) 评论(0) 推荐(0)
9、linux的特殊符
摘要：在shell中常用的特殊符号罗列如下： # ; ;; . , / \ 'string'| ! $ ${} $? $$ $* "string"* ** ? : ^ $# $@ `command`{} [] [[]] () (()) || && {xx,yy,zz,...}~ ~+ ~- & \<... 阅读全文
posted @ 2017-06-17 22:30 风中之铃 阅读(509) 评论(0) 推荐(0)
8、linux-数字计算
摘要：bash内置了对整数四则运算的支持，但是并不支持浮点运算 bc命令是一种支持任意精度的交互执行的计算器语言，而bc命令可以很方便的进行浮点运算，当然整数运算也不再话下 在bc工作环境下，可以使用以下计算符号：+ 加法 - 减法 * 乘法 / 除法 ^ 指数 % 余数 seq 10;seq 1 10; 阅读全文
posted @ 2017-06-17 17:59 风中之铃 阅读(716) 评论(0) 推荐(0)
7、linux常见系统环境变量
摘要：使用env命令显示所有环境变量 env (常见的有HOSTNAME,SHELL,HISTSIZE,PERL5LIB,USER,PATH,PWD,LANG,HOME, LD_LIBRARY_PATH (指定动态链接库的位置so文件，一般在安装软件出错时用到)， PYTHONPATH （指定python 阅读全文
posted @ 2017-06-15 22:08 风中之铃 阅读(3083) 评论(0) 推荐(0)
2、perl模块查询安装否
摘要：1、Perl 中每个包有一个单独的符号表，定义语法为：package mypack; 此语句定义一个名为 mypack 的包，在此后定义的所有变量和子程序的名字都存贮在该包关联的符号表中，直到遇到另一个package 语句为止。 每个符号表有其自己的一组变量、子程序名，各组名字是不相关的，因此可以在 阅读全文
posted @ 2017-06-15 21:41 风中之铃 阅读(507) 评论(0) 推荐(0)
15、使用ggtree实现进化树的可视化和注释（转载）
摘要：本文作者：余光创，目前就读于香港大学公共卫生系，开发过多个R/Bioconductor包，包括ChIPseeker, clusterProfiler, DOSE,ggtree，GOSemSim和ReactomePA。 进化树看起来和层次聚类很像。有必要解释一下两者的一些区别。 层次聚类的侧重点在于分 阅读全文
posted @ 2017-06-15 16:46 风中之铃 阅读(7596) 评论(0) 推荐(0)
01、启动优先和安全设置
摘要：security 和 boot 开机按F2键进入BIOS界面 1、进入【security】菜单 >> 选择【Secure Boot menu】 >> 选择【Secure Boot Control】 >> 设定 为Disabled。 2、进入【Boot】菜单 >> 选择【LauncCSM】 >> 设定 阅读全文
posted @ 2017-06-15 15:35 风中之铃 阅读(479) 评论(0) 推荐(0)
5、bam格式转为bigwig格式
摘要：1、Bam2bigwig（工具） https://www.researchgate.net/publication/301292288_Bam2bigwig_a_tool_to_convert_bam_files_into_bigwig_for_UCSC_Genome_Browser tutor f 阅读全文
posted @ 2017-06-15 15:11 风中之铃 阅读(4608) 评论(0) 推荐(0)
1、蛋白质二级结构预测方法
摘要：原创 2017-05-08 omicshare.com 基迪奥生物 蛋白质二级结构的预测通常被认为是蛋白结构预测的第一步，二级结构是指α螺旋和β折叠等规则的蛋白质局部结构元件。不同的氨基酸残基对于形成不同的二级结构元件具有不同的倾向性。按蛋白质中二级结构的成分可以把球形蛋白分为全α蛋白、全β蛋白、α 阅读全文
posted @ 2017-06-15 14:32 风中之铃 阅读(24725) 评论(0) 推荐(0)
12、IGV-Integrative Genomics Viewer
摘要：1、IGV的网址：http://software.broadinstitute.org/software/igv/（java环境） 常见的几种输入格式bam/sam(比对文件) TDF(bam的精简版) bed（注释文件） gtf/gff（注释文件） PSL(blat比对结果) VCF(snp,in 阅读全文
posted @ 2017-06-04 22:12 风中之铃 阅读(3316) 评论(0) 推荐(0)
1、perl学习
摘要：1、字符串函数 print chomp chop length uc lc index ord #转符号为ASCII的数字 chr #转数字为ASCII的字母 substr($string,offset,length) #提取子串部分 例子：substr($_,5,length($_)-10) #截 阅读全文
posted @ 2017-06-03 17:35 风中之铃 阅读(240) 评论(0) 推荐(0)