Nature forum上的关于在生物信息学领域学习Perl和Python的讨论
摘要：
http://network.nature.com/forums/bioinformatics/1611 看看顶级专家（也不一定是）是怎样认为的。 阅读全文
posted @ 2008-05-24 13:34 屈武斌 阅读(559) 评论(0) 推荐(0)
哀悼与团结的曲线——来自谷歌
摘要：
从 Google 黑板报 -- Google 中国的博客网志 作者：joydandan 发表者：中国工程研究院工程师方坤 汶川大地震——这场三十年来降临在华夏大地上最大的一次灾难，令整个中国陷入巨大的震惊与无比的悲痛之中。仅仅在几天之前，"地震"仿佛还是一个与你我无关的字眼，"汶川"也不过是厚厚的地图集中一个无人知晓的偏僻的所在。而在今天，一切都改变了。 当我们依照惯例整理和分析谷歌搜索引擎的流... 阅读全文
posted @ 2008-05-22 12:48 屈武斌 阅读(393) 评论(0) 推荐(0)
使用Python/BioPython解析BLAST结果
摘要：
在生物信息学中，对BLAST结果文件的解析是最为普遍的一个工作之一，在Perl中有BioPerl可以解析，而在Python中也有 BioPython，并且解析起来非常方便。由于BLAST的版本升级比较快，它的结果输出文件的格式有时也会相应变化，因此为了能正确的解析BLAST 结果，在做BLAST的时候使用'-m 7'参数，使输出结果保存为xml的格式，这是由于xml的格式很少随着BLAST的版本而... 阅读全文
posted @ 2008-05-21 12:34 屈武斌 阅读(4321) 评论(0) 推荐(0)
Python 获取用户主目录$HOME
摘要：
usr_home = os.path.expanduser(’~') 阅读全文
posted @ 2008-05-20 11:14 屈武斌 阅读(4845) 评论(0) 推荐(0)
Python 获取脚本所在目录，不是运行目录
摘要：
获取脚本所在目录： os.path.split( os.path.realpath( sys.argv[0] ) )[0] 获取程序运行目录： os.getcwd() 阅读全文
posted @ 2008-05-20 10:36 屈武斌 阅读(1733) 评论(0) 推荐(0)
Fedora 8下安装永中office
摘要：
永中office是一款夸平台的office应用软件，使用JAVA写成，它的界面和MS office 2003非常相似，适合习惯了MS office 2003的用户使用，可以从这个网址http://www.evermoresw.com/webch/download/download.jsp下载 使用版，有30天试用期，但即使过了试用期，你也可以照常使用，只是在每次打开永中office时，会出现一个过... 阅读全文
posted @ 2008-05-17 12:21 屈武斌 阅读(301) 评论(0) 推荐(0)
Reverse String 反转字串
摘要：
Code highlighting produced by Actipro CodeHighlighter (freeware) http://www.CodeHighlighter.com/ -->def reverseString(s): """Reverses a string given to it.""" return s[::-1] 很神奇，从网上搜的，但... 阅读全文
posted @ 2008-05-17 08:03 屈武斌 阅读(634) 评论(3) 推荐(0)
使用Firefox插件BioBar来让你的科研更顺利
摘要：
Biobar - A toolbar for browsing biological data and databases. http://biobar.mozdev.org/ 这是非常有用的火狐插件，专为生物科学工作者而设计的！ 里面包括了常用的生物信息学的网站，比如NCBI，EBI，DDBJ等。 你可以将PubMed设成你的默认数据库，这样就拥有了一个PubMed 的ToolBar，查找文献非... 阅读全文
posted @ 2008-05-16 08:17 屈武斌 阅读(419) 评论(0) 推荐(0)
写程序千万要细心
摘要：
将#!/usr/bin/env python一不小心写成了#/usr/bin/env python，哎，害惨我了，让我找了许久！一定得细心。 阅读全文
posted @ 2008-05-15 20:59 屈武斌 阅读(158) 评论(0) 推荐(0)
什么是MOBY/BioMOBY？
摘要：
MOBY-S系统定义了一个基于语义（ontology）的信息标准，使程序可以在生物学数据仓库和数据分析中心之间自由的交换数据，避免了人工处理不同数据中的数据格式问题。 网址：http://www.biomoby.org/。 阅读全文
posted @ 2008-05-15 20:20 屈武斌 阅读(287) 评论(0) 推荐(0)
BioMart——一个查询导向的数据管理系统
摘要：
BioMart由欧洲生物信息研究所（EBI）和冷泉港实验室（ESHL）共同开发的一套查询导向的数据管理系统，这个系统可以接受任意格式的数 据，也可 以按照不同的需求安装不同的查询工具和界面，可谓相当灵活。由于其内部采用关系型的数据组织模式，所以更易于进行复杂的数据挖掘研究。 BioMart内建有针对处理大量数据的最佳化查询功能，以便处理基因组序列或是微阵列实验数据等。对于分布于网络的多个数据集的交... 阅读全文
posted @ 2008-05-15 12:56 屈武斌 阅读(598) 评论(0) 推荐(0)
使用muscle来作蛋白质／核酸多序列比对
摘要：
做多序列比对，比较常用的是CLUSTALW和T-coffee，这里还有一个叫做muscle（multiple sequence comparison by log-expectation）的多序列比对软件，它的平均精度和速度要超过CLUSTALW和T-coffee，具体的算法和用法请参阅其主页 （http://www.drive5.com/muscle/index.htm）上的文档，下面简单介绍一... 阅读全文
posted @ 2008-05-14 17:40 屈武斌 阅读(3995) 评论(0) 推荐(0)
Fedora 8 下给Apache添加用户目录
摘要：
备份：cp /etc/httpd/conf/httpd.conf /etc/httpd/conf/httpd.conf.bak 修改：vi /etc/httpd/conf/httpd.conf 找到，然后按照注释修改其中的信息。 chmod 711 $HOME 目录 chmod 755 $HOME/public_html目录 测试：在浏览器上打上http... 阅读全文
posted @ 2008-05-13 15:05 屈武斌 阅读(308) 评论(0) 推荐(0)
Linux 文件权限
摘要：
用数字来代表权限，1为执行，2为写，4为读，因为这三个数字每两个之和都是唯一的，所以，7代表所有权限，6代表读和写，5代表读和执行。 修改linux文件权限命令：chmod 用法：chmod XXX filename ×××（所有者"组用户"其他用户） ×=4 读的权限 ×=2 写的权限 ×=1 执行的权限 常用修改权限的命令： chmod 600 ××× （只有所有者有读和写... 阅读全文
posted @ 2008-05-13 14:23 屈武斌 阅读(248) 评论(0) 推荐(0)
对Google的三个产品的一个建议
摘要：
对Google的三个产品：Google scholar，Google Docs，Google Notebook，我有一个想法，就是将三个联系起来，使之成为科学工作者离不开的产品，从而替代目前的MS Office，SCI，EndNote，如果成功，我认为这对科学界是个极大的贡献，可以节省科学家们很多的时间。 Google的产品很好： Google scholar很好很强大，可以和SCI（... 阅读全文
posted @ 2008-05-12 23:07 屈武斌 阅读(327) 评论(0) 推荐(0)
Software Carpentry
摘要：
简评：这个课程对我们这些外行编程的人来说，非常好，我极力推荐大家阅读。下文摘自：http://rl.rockiestech.com/node/167Greg Wilson 的“Software Carpentry”课程是针对科研和工程人员设计的，鼓励规范、优良、高效编程的一个课程（http://www.swc.scipy.org/index.html）。按照作者的说法，是追求用10％的技巧解决90... 阅读全文
posted @ 2008-05-09 13:33 屈武斌 阅读(430) 评论(0) 推荐(0)
Good programmers don’t write programs: they assemble them
摘要：
Good programmers don’t write programs: they assemble themCombine tools and libraries that others have writtenThereby creating something that others can then recombine摘自：http://www.swc.scipy.org/lec/in... 阅读全文
posted @ 2008-05-09 13:26 屈武斌 阅读(231) 评论(0) 推荐(0)
做生物信息学：Python还是Perl？
摘要：
这里不讨论谁优谁劣，而是想说，对于我们学生物信息学的，尤其是生物背景的，最好的或者说最实用的脚本语言是哪个。 我之前用的是Perl，用了一年，但是两个月前，我改用Python了，为什么呢？ 第一：我不适合学Perl，他太灵活，我这种有点完美主义倾向的人无法学习； 第二：别人写的Perl程序，很难看懂，即使有很详细的注释信息，因为不同人的Perl风格迥异； 第三：我的项目需要用到面向对象编程，但是... 阅读全文
posted @ 2008-05-09 12:47 屈武斌 阅读(6653) 评论(7) 推荐(1)
浙公网安备 33010602011771号