qinqinyang

2016年7月14日

摘要： CNV: 人类主要是二倍体。如果有些区域出现3个、4个拷贝，那就是扩增了，如果只出现1个拷贝，就是缺失。所以CNV分析是依靠特定位置的测序深度来估算的，先在染色体上划窗，然后看每个窗口的平均测序深度，如果连续多个窗口的测序深度在样品/对照中都有差异，那么就判断为CNV，标准是拷贝数相除，然后取log 阅读全文

posted @ 2016-07-14 16:30 qinqinyang 阅读(2942) 评论(0) 推荐(0)

2016年7月6日

ubuntu下解压zip文件乱码

摘要：安装unar 即可解决问题 sudo apt get install unar 阅读全文

posted @ 2016-07-06 13:15 qinqinyang 阅读(156) 评论(0) 推荐(0)

2016年7月1日

RNAseq分析软件STAR的安装

摘要： wget https://github.com/alexdobin/STAR/releases/STAR-2.5.2a.tar.gz tar -xzf STAR-2.5.2a.tar.gz cd STAR-2.5.2amake STAR由于没有设置环境变量，所以每次运行的时候要加上绝对路径/STAR 阅读全文

posted @ 2016-07-01 17:39 qinqinyang 阅读(2176) 评论(0) 推荐(0)

2016年6月24日

提取相应的位置的碱基序列

摘要：从maf文件中提取突变位点附件的碱基序列首先准备bed文件 bedtools getfasta bedtools getfasta -fi $fa -bed test.bed -fo test.fa 结果既是附近的碱基阅读全文

posted @ 2016-06-24 11:28 qinqinyang 阅读(656) 评论(0) 推荐(0)

2016年6月17日

ubuntu安装miniconda

摘要：系统：ubuntu15.04 64位 wget -c http://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda-latest-Linux-x86_64.sh chmod +x Miniconda-latest-Linux-x86_64.sh ./Miniconda-l 阅读全文

posted @ 2016-06-17 09:31 qinqinyang 阅读(5231) 评论(0) 推荐(0)

2016年6月7日

sequenza细胞纯度计算

摘要：安装sequenza bam文件要放在前面，否侧会-f命令可能识别错误 samtools mpileup a.bam -f hg19.fasta -Q 20 |gzip > normal.pileup.gzsamtools mpileup b.sorted.bam -f hg19.fasta -Q 阅读全文

posted @ 2016-06-07 15:20 qinqinyang 阅读(1905) 评论(0) 推荐(0)

2016年6月5日

MusigCV安装

摘要：首先，将下载的安装文件zip包,http://www.mathworks.com/products/compiler/mcr/ MCR2013a 然后依次执行下面的命令：进入目录：cd /tmp 解压缩：unzip MCR_R2012a_glnxa64_installer.zip -d MCR_R 阅读全文

posted @ 2016-06-05 16:55 qinqinyang 阅读(1820) 评论(0) 推荐(0)

genome MuSic安装

摘要：系统：ubuntu 15.04全程在root权限下安装首先安装软件samtools ，必须是samtools-0.1.19 版本tar jxf samtools-0.1.19.tar.bz2cd samtools-0.1.19makeexport SAMDIR=$PWDsudo mv samtoo 阅读全文

posted @ 2016-06-05 15:41 qinqinyang 阅读(848) 评论(0) 推荐(0)

VEP安装指南

摘要： #下载依赖包 sudo apt-get install -y curl rsync tar make perl perl-base tabix #设置perl环境变量 export PERL_PATH=~/perl5 #在perl安装依赖包 curl -L http://cpanmin.us | p 阅读全文

posted @ 2016-06-05 15:35 qinqinyang 阅读(5038) 评论(0) 推荐(0)

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