随笔分类 -  Bioinformatics

四重简并位点
摘要: 阅读全文

posted @ 2015-07-31 22:34 凉皮子 阅读(1096) 评论(0) 推荐(0)

tba error
摘要:出现“no alignment found for ......”主要是提供的树不正确。第二张图,当对三个物种构成的结果操作时,能顺利进行。但当对四个物种构成的结果操作时,就提示如下错误,估计得再次提供树 阅读全文

posted @ 2015-07-11 10:12 凉皮子 阅读(274) 评论(0) 推荐(0)

JBrowse
该文被密码保护。

posted @ 2015-04-24 16:45 凉皮子 阅读(2) 评论(0) 推荐(0)

NET format
摘要:The net file format is used to describe the axtNet data that underlie the net alignment annotations in the Genome Browser. For a detailed description ... 阅读全文

posted @ 2015-01-29 21:20 凉皮子 阅读(218) 评论(0) 推荐(0)

PSL format
摘要:PSL lines represent alignments, and are typically taken from files generated by BLAT or psLayout. See the BLAT documentation for more details. All of ... 阅读全文

posted @ 2015-01-29 21:12 凉皮子 阅读(974) 评论(0) 推荐(0)

LAV format
摘要:IntroductionExampleStanza TypesD StanzaS StanzaH StanzaA StanzaX and M StanzasCensus StanzaIntroductionLAV is a plain-text file format for alignments ... 阅读全文

posted @ 2015-01-29 14:45 凉皮子 阅读(332) 评论(0) 推荐(0)

Chain Format
摘要:The chain format describes a pairwise alignment that allowgaps in both sequences simultaneously.Each set of chain alignments starts with a header lin... 阅读全文

posted @ 2015-01-29 14:28 凉皮子 阅读(196) 评论(0) 推荐(0)

axt alignment format
摘要:axt Alignment Format axt alignment files are produced from Blastz, an alignment tool available from Webb Miller's lab at Penn State University. The a... 阅读全文

posted @ 2015-01-22 15:32 凉皮子 阅读(349) 评论(0) 推荐(0)

lastz的用法
摘要: 阅读全文

posted @ 2015-01-19 15:38 凉皮子 阅读(2427) 评论(0) 推荐(0)

生信相关网站
摘要:生物信息学与生物计算:http://bioinformatics.weizmann.ac.il/ 这是生物信息学和生物计算学的网站,由Weizmann科学研究所,生物服务部和Crown人类基因组学中心支持。研究领域主要涵盖序列分析,蛋白质组学和基因组学等。该网站提供了数据库,电子论坛,教育,新闻,软... 阅读全文

posted @ 2014-11-14 13:43 凉皮子 阅读(710) 评论(0) 推荐(0)

Samtools的使用方法
该文被密码保护。

posted @ 2014-08-23 21:25 凉皮子 阅读(55) 评论(0) 推荐(0)

Variant Call Format(VCF)
摘要:IntroductionVCF is a text file format (most likely stored in a compressed manner). It contains meta-information lines, a header line, and then data li... 阅读全文

posted @ 2014-08-22 15:35 凉皮子 阅读(1314) 评论(0) 推荐(0)