DNA条形码

I. 国际组织

BOLD System

Consortium for the Barcode of Life (CBOL)

National Center for Biotechnology Information

 

II. 术语解释

DNA Barcoding

http://www.biotechworld.cn/news/display/article/8590

http://www.stdaily.com/kjrb/content/2009-07/21/content_85077.htm

http://en.wikipedia.org/wiki/DNA_Barcode

 

PCR技术

http://zh.wikipedia.org/wiki/%E8%81%9A%E5%90%88%E9%85%B6%E9%93%BE%E9%94%81%E5%8F%8D%E5%BA%94

http://en.wikipedia.org/wiki/Polymerase_chain_reaction

http://bioop.com/dedecms3/html/biocz/2006/0915/1820.html（PCR仪器操作）

http://blog.bioon.com/user1/2081/archives/2008/170262.shtml（PCR资料下载）

http://www.56.com/u16/v_MzA4MzMwMDU.html（视频）

 

Phylogenetics

http://en.wikipedia.org/wiki/Phylogenetics

 

电泳原理及实验

http://baike.baidu.com/view/25110.htm

http://en.wikipedia.org/wiki/Electrophoresis

http://www.56.com/u15/v_MjUzODU1NDA.html

 

生物学专业词汇（P）

http://www.enfans.com/16/061C115R008.shtml

 

 

 

植物DNA条形码研究进展概述

 

在植物中DNA条形码的研究进展相对缓慢，主要有两方面原因：

(1)植物线粒体基因组进化速率较慢，遗传分化小，因此动物中的标准片段COI不适用于植物；

(2)系统学研究中常用的片段变异较小，不适合用作条形码片段(Chase et al，2005；Kress et al.，2005)。

由于核基因组通常具有多拷贝的特性，且物种内变异较大，引物通用性差，并且扩增时对模板DNA的质量要求高，不适用于存在DNA降解的材料(Kress et al，2005)，因此，植物中最可能的条形码还是从叶绿体基因组中选择(Chase et al.，2005；Cowan et al，2006)。虽然叶绿体基因相对保守，但仍然包含许多变异区域，同时叶绿体基因组有其自身的优势；单亲遗传避免了基因重组；植物个体中均有大量的叶绿体，即使DNA高度降解也容易扩增。

生物条形码联盟(CBOL)最初建议的植物条形码片段均为叶绿体片段：matK，rpoCl，rpoB，accD，nhdJ和YCF5。但因为后3个片段在一些主要的植物类群中有缺失，如YCF5在苔藓类植物中缺失，accD在禾本科植物中缺失，而ndhJ在松属植物中缺失，在部分兰花中变短或功能丧失，因此它们在第二阶段的更新中已被排除(http：//www.kew.org/barcoding/)。此外，一些研究者也建议了其他的片段。例如：Kress等(2005)建议ITS和trnH-psbA两个片段，Chase等(2005)和Newmaster等(2006)建议rbcL。

由于越来越多的研究表明单靠某一个片段不太可能对所有的植物物种进行准确鉴定，研究者又相继提出了不同的片段组合方案。片段组合的观点最早在Kress等(2005)的文中有所提及，他们预测ITS+trnH-psbA将是被子植物中具有广泛应用价值的组合，但并未做分析。2007年Chase等明确提出两套组合方案：rpoCl+rpoB+marK和rpoCl+matK+trnH-psbA。同年Kress和Erickson(2007)又提出使用rbcL+trnH-psbA对陆生植物进行识别和鉴定。2007年9月在台北举行的第二届国际生物条形码大会上韩国植物学家Ki-Joong Kim等提出matK+atpF-atpH+psbK-psbI和mark+atpF-atpH+trnH-psbA两个组合(Pennisi，2007；www.dnabarcodes2007.org)。以上5种被提议的植物条形码组合方案构成了当前广泛讨论和评价的内容。

 

在这些叶绿体片段中，rpoB，rpoC，rbcL、matK是编码区片段，trnH-psbA，atpF-atpH和psbK-psbI是非编码区片段。