2015年4月18日
Bioconductor高通量数据基本类的操作和构建
摘要： Bioconductor的两个基础类：ExpressionSet类和SummarizedExpression类ExpressionSet类和SummarizedExpression类是储存高通量数据的两个基础类。ExpressionSet主要用于基于array的研究，它的row是feature，而S... 阅读全文
posted @ 2015-04-18 20:48 Nutastray 阅读(2465) 评论(0) 推荐(0)
2015年4月11日
HarvardX: PH525.4x Introduction to Bioconductor第二周笔记
摘要： PH525.4x第二周内容围绕GRange类的操作和使用Annotation进行数据关联两个主题展开，并展示了几个比较“炫”的功能。由于内容繁多，信息量大，故笔记之以便日后参考。该课程的演示数据为ChIP-seq的实验数据，背景为人类肝细胞（cell line：HepG2和GM12878）中被ESR... 阅读全文
posted @ 2015-04-11 00:16 Nutastray 阅读(1049) 评论(0) 推荐(0)
2015年3月22日
SVD初探（1）
摘要： 谈到对高维度数据降维，SVD和PCA是最基本最常用的降维工具，在探索性数据分析中也有诸多妙用。SVD常常和PCA一同提起，至于他们之间的区别，哈佛在edX上的线上课PH525.3x Advanced Statistics for the Life Sciences有提到仅仅是去均值化的区别（PCA本... 阅读全文
posted @ 2015-03-22 21:48 Nutastray 阅读(320) 评论(0) 推荐(0)
2015年3月19日
使用ICA进行EEG滤噪
摘要： 数据预处理假设6通道EEG（4通道EEG+2通道EOG），生成ndarray或矩阵S，row为time point，col为通道。对S进行标准化：S /= S.std(axis=0)ICA分析模块导入：from sklearn.decomposition import FastICA构建ICA对象，... 阅读全文
posted @ 2015-03-19 19:32 Nutastray 阅读(1070) 评论(0) 推荐(0)