nkwy2012

2017年9月30日

摘要：今天介绍一些运算函数，它们的使用很简单，没有什么难度，但是也会用的着。在医学统计学或者流行病学里的现场调查、样本选择经常会提到一个词：随机抽样。随机抽样是为了保证各比较组之间均衡性的一个很重要的方法。那么今天介绍的第一个函数就是用于抽样的函数sample： > x=1:10 > sample(x= 阅读全文

posted @ 2017-09-30 09:15 nkwy2012 阅读(1037) 评论(0) 推荐(0)

2017年9月25日

R语言包相关命令

摘要： R的包（package）通常有两种：1 binary package：这种包属于即得即用型（ready-to-use），但是依赖与平台，即Win和Linux平台下不同。2 Source package: 此类包可以跨平台使用，但用之前需要处理或者编译（compiled）。.libPaths()：查看阅读全文

posted @ 2017-09-25 16:39 nkwy2012 阅读(975) 评论(0) 推荐(0)

2017年9月22日

linux中find与rm实现查找并删除目录或文件

摘要： linux 下用find命令查找文件，rm命令删除文件。删除指定目录下指定文件find 要查找的目录名 -name .svn |xargs rm -rf 删除指定名称的文件或文件夹: find -type d | grep .svn$ | xargs rm -r 分析：find -type d | 阅读全文

posted @ 2017-09-22 11:26 nkwy2012 阅读(5268) 评论(0) 推荐(1)

2017年9月15日

16s workfollw

摘要： http://bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/metagenomeFeatures/inst/doc/Example_16S_Annotation_Workflow.html 阅读全文

posted @ 2017-09-15 16:10 nkwy2012 阅读(257) 评论(0) 推荐(0)

2017年9月11日

如何制作自己的R包？

摘要：摘自方匡南等编著《R数据分析-方法与案例详解》.电子工业出版社R包简介R包提供了一个加载所需代码、数据和文件的集合。R软件自身就包含大约30种不同功能的包，这些基本包提供了R软件的基本功能。与此同时，R作为一个开源软件，它提供了各种统计计算函数，从而方便使用者能够灵活机动的进行数据分析，甚至创造阅读全文

posted @ 2017-09-11 17:21 nkwy2012 阅读(333) 评论(0) 推荐(0)

R 中的哪些命令或者包让你相见恨晚？--转载知乎

摘要： https://www.zhihu.com/question/24501195 节选：看了这么多答案，觉得 Hadley Wickhamhad.co.nz 在R使用者的地位好高啊。其实我也觉得Hadley的每个包都很好用，尤其是CRAN - Package plyr（他写的包中，这个接触得比较晚，阅读全文

posted @ 2017-09-11 17:04 nkwy2012 阅读(603) 评论(0) 推荐(0)

R语言系列：自定义function

摘要：在用R语言做各种事物时，用户自定义函数是不可或缺的。这期来讲讲如何自定义R的function。首先要介绍的是function的基本框架： 1 2 3 4 函数名称为myfunction arg1，arg2 为参数 statements 为函数语句 return(object)返回结果两个例子例子阅读全文

posted @ 2017-09-11 16:54 nkwy2012 阅读(12112) 评论(0) 推荐(0)

趋势分析--转载

摘要：我们趋势分析的方法，其实参照一款非常有名软件STEM（Short Time-series Expression Miner，下载地址：http://www.sb.cs.cmu.edu/stem/）。这个软件的主要用途就是针对时间顺序取样的表达量数据进行聚类，分析其表达模式。如果你使用我们的趋势分析工阅读全文

posted @ 2017-09-11 15:04 nkwy2012 阅读(2013) 评论(0) 推荐(0)

2017年9月10日

如何获取所有基因的转录起始位点--转载

摘要： http://blog.sciencenet.cn/blog-2985160-948631.html 我们在做人类全基因组分析的时候，经常需要找出基因组中所有基因的转录起始位点（Transcription Start Site, TSS），利用R/Bioconductor很容易做到。用到一个包 H 阅读全文

posted @ 2017-09-10 21:45 nkwy2012 阅读(4747) 评论(0) 推荐(0)

2017年9月7日

awk字符串处理

摘要： awk 字符串处理函数 awk提供了许多强大的字符串函数，见下表：awk内置字符串函数gsub(r,s) 在整个$0中用s替代rgsub(r,s,t) 在整个t中用s替代rindex(s,t) 返回s中字符串t的第一位置length(s) 返回s长度match(s,r) 测试s是否包含匹配r的字符串阅读全文

posted @ 2017-09-07 17:37 nkwy2012 阅读(2885) 评论(0) 推荐(0)

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