随笔分类 -  R

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如何用R来定制个性化PPT
摘要：ReporteRs包可以创建word,ppt,html文档。它可以格式化R的输出：如可编辑的矢量图，复杂的表格报告功能，企业模板文档的重用（.docx和.pptx）。它是一个很好的自动化报告工具，并且不需要你安装微软的任何产品。需要注意的是，电脑需安装了java（>=1.6）本文演示的是如何用它来制 阅读全文
posted @ 2018-03-12 15:47 nkwy2012 阅读(436) 评论(0) 推荐(0)
R语言低级绘图函数-abline 转载
摘要：abline 函数的作用是在一张图表上添加直线, 可以是一条斜线，通过x或y轴的交点和斜率来确定位置；也可以是一条水平或者垂直的线，只需要指定与x轴或y轴交点的位置就可以了 常见用法： 1）添加直线 水平线： 通过h 参数设置直线与y轴的交点就可以了，代码示例如下： 效果如下： 垂直线： 通过v 参 阅读全文
posted @ 2018-03-09 11:10 nkwy2012 阅读(483) 评论(0) 推荐(0)
R语言中将数据框（data.frame）中字符型数据转化为数值型
摘要：as.data.frame(lapply(data,as.numeric)) 阅读全文
posted @ 2018-03-06 17:29 nkwy2012 阅读(19143) 评论(0) 推荐(0)
R语言︱文本（字符串）处理与正则表达式
摘要：处理文本是每一种计算机语言都应该具备的功能，但不是每一种语言都侧重于处理文本。R语言是统计的语言，处理文本不是它的强项，perl语言这方面的功能比R不知要强多少倍。幸运的是R语言的可扩展能力很强，DNA/RNA/AA等生物序列现在已经可以使用R来处理。 R语言处理文本的能力虽然不强，但适当用用还是可 阅读全文
posted @ 2018-02-24 14:11 nkwy2012 阅读(1045) 评论(0) 推荐(0)
R 非root安装
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posted @ 2018-01-15 16:47 nkwy2012 阅读(1) 评论(0) 推荐(0)
R----stringr包介绍学习
摘要：1. stringr介绍 stringr包被定义为一致的、简单易用的字符串工具集。所有的函数和参数定义都具有一致性，比如，用相同的方法进行NA处理和0长度的向量处理。 字符串处理虽然不是R语言中最主要的功能，却也是必不可少的，数据清洗、可视化等的操作都会用到。对于R语言本身的base包提供的字符串基 阅读全文
posted @ 2018-01-15 15:54 nkwy2012 阅读(910) 评论(0) 推荐(0)
R语言的plyr包简介--转载
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posted @ 2017-12-26 22:42 nkwy2012 阅读(16) 评论(0) 推荐(0)
R：reshape2包中的melt
摘要：melt()函数melt为熔化、溶解的意思，此处可理解为扔进去一个东西，出来另外一个本质一样但形状不一样的东西。语法结构：melt(data, ..., na.rm = FALSE, value.name = "value")其中：data可以是数据框、数组或列表，melt()函数会根据数据类型选择 阅读全文
posted @ 2017-12-26 22:26 nkwy2012 阅读(827) 评论(0) 推荐(0)
TCGA系列--GDCRNATools
摘要：https://github.com/Jialab-UCR/GDCRNATools GDCRNATools - An R package for downloading, organizing, and integrative analyzing lncRNA, mRNA, and miRNA da 阅读全文
posted @ 2017-12-26 15:19 nkwy2012 阅读(2518) 评论(0) 推荐(0)
R软件中排序:sort()，rank()，order()
摘要：在R中，和排序相关的函数主要有三个：sort()，rank()，order()。 sort(x)是对向量x进行排序，返回值排序后的数值向量。rank()是求秩的函数，它的返回值是这个向量中对应元素的“排名”。而order()的返回值是对应“排名”的元素所在向量中的位置。 下面以一小段R代码来举例说明 阅读全文
posted @ 2017-12-23 11:00 nkwy2012 阅读(5813) 评论(1) 推荐(0)
R中利用apply、tapply、lapply、sapply、mapply、table等函数进行分组统计--转载
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posted @ 2017-12-23 10:35 nkwy2012 阅读(11) 评论(0) 推荐(0)
R语言数据去重
摘要：R语言常用的去重命令有unique duplicated unique主要是返回一个把重复元素或行给删除的向量、数据框或数组 > x <- c(3:5, 11:8, 8 + 0:5)> x [1] 3 4 5 11 10 9 8 8 9 10 11 12 13> unique(x)[1] 3 4 5 阅读全文
posted @ 2017-12-21 20:26 nkwy2012 阅读(8411) 评论(0) 推荐(0)
R中的路径设置
摘要：软件的路径设置对于电脑的内存管理和自己的寻根究底十分重要。所以，合理的设置R中相关路径，能更加方便快捷的管理自己的相关文件，提高学习R语言的效率，建立自己的习惯体系。 R中的路径设置主要有以下几个方面： 工作目录的路径 安装包的路径 关于工作目录 1.使用getwd()函数来显示当前工作目录。 1 阅读全文
posted @ 2017-12-15 17:27 nkwy2012 阅读(3830) 评论(0) 推荐(0)
对CCLE数据库可以做的分析--转载
摘要：转载：http://www.bio-info-trainee.com/1327.html 收集了那么多的癌症细胞系的表达数据，拷贝数变异数据，突变数据，总不能放着让它发霉吧! 这些数据可以利用的地方非常多，但是在谷歌里面搜索引用了它的文章却不多，我挑了其中几个，解读了一下别人是如何利用这个数据的，当 阅读全文
posted @ 2017-12-06 09:10 nkwy2012 阅读(5881) 评论(0) 推荐(0)
install_github安装错误解决方法
摘要：install.packages('devtools')library(devtools)install_github('hdng/clonevol') Installation failed: Timeout was reached install_github('hdng/clonevol', 阅读全文
posted @ 2017-10-17 13:49 nkwy2012 阅读(2388) 评论(0) 推荐(0)
Visualization data using R and bioconductor.--NCBI
摘要： 阅读全文
posted @ 2017-09-30 11:43 nkwy2012 阅读(211) 评论(0) 推荐(0)
R软件中排序:sort()，rank()，order()
摘要：在R中，和排序相关的函数主要有三个：sort()，rank()，order()。 sort(x)是对向量x进行排序，返回值排序后的数值向量。rank()是求秩的函数，它的返回值是这个向量中对应元素的“排名”。而order()的返回值是对应“排名”的元素所在向量中的位置。 下面以一小段R代码来举例说明 阅读全文
posted @ 2017-09-30 11:21 nkwy2012 阅读(301) 评论(0) 推荐(0)
ggplot2作图详解7（完）：主题（theme）设置
摘要：凡是和数据无关的图形设置内容理论上都可以归为主题类，但考虑到一些内容（如坐标轴）的特殊性，可以允许例外的情况。主题的设置相当繁琐，很容易就占用了 大量的作图时间，应尽量把这些东西简化，把注意力主要放在数据分析上。基于这种考虑，ggplot2主题设置的内容虽然相当多，本文仅在总体上作一简单介 绍。 1 阅读全文
posted @ 2017-09-30 11:04 nkwy2012 阅读(8111) 评论(0) 推荐(0)
R：reshape2包中的melt
摘要：melt()函数melt为熔化、溶解的意思，此处可理解为扔进去一个东西，出来另外一个本质一样但形状不一样的东西。语法结构：melt(data, ..., na.rm = FALSE, value.name = "value")其中：data可以是数据框、数组或列表，melt()函数会根据数据类型选择 阅读全文
posted @ 2017-09-30 10:14 nkwy2012 阅读(695) 评论(0) 推荐(0)
R语言笔记-set.seed()函数
摘要：今天查了一下R语言中set.seed()，该命令的作用是设定生成随机数的种子，种子是为了让结果具有重复性。如果不设定种子，生成的随机数无法重现。 set.seed()用于设定随机数种子，一个特定的种子可以产生一个特定的伪随机序列，这个函数的主要目的，是让你的模拟能够可重复出现，因为很多时候我们需要取 阅读全文
posted @ 2017-09-30 09:20 nkwy2012 阅读(4841) 评论(0) 推荐(0)

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