根据BRIAN的官网(http://briansimulator.org/)上安装流程,选择推荐的BRIAN2版本。(本机配置,linux 32bit 2G内存)

  •   对Python不太熟悉,按照流程慢慢走,首先安装了Python的集成环境Anaconda,通过Anaconda来安装BRIAN(需要输入想要的安装路径)。

       Python 3.5(https://www.continuum.io/downloads)    

     bash Anaconda3-4.1.1-Linux-x86_32.sh

     执行命令完成安装,并输入 conda 再输入 python 出现以下信息,代表Anaconda安装完成。

      Python 3.5.2 |Anaconda 4.1.1 (32-bit)| (default, Jul 2 2016, 17:49:02)
      [GCC 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-1)] on linux
      Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.

 

  •   安装Brian2

     创建一个新的conda环境来运行brian2,这样的好处是可以单独地对brian2更新或者不更新。

    conda create --name brianenv biopython
    source activate brianenv //切换到新建的brianenv环境中,系统显示 (brianenv) xx@xx ~ $
    source deactivate //退回到anaconda root环境

     切换到新建的环境中,安装brian2

    conda install -c brian-team brian2  //可以直接选择后面的开发版
    conda install brian2
    conda install matplotlib nose ipython ipython-notebook
     安装C++环境,(linux下使用g++ --version查看是否已经安装)
    sudo apt install g++
    为了能够运行最新开发的代码,可以安装开发板,需要通过conda安装brian-team/dev(开发团队)频道,需要先删除之前安装的brian2.
    conda config --remove channels brian-team -f
    conda remove brian2
    conda install -c brian-team py-cpuinfo
    conda install -c brian-team/channel/dev brian2
     完成安装,下面测试BRIAN2是否安装成功。

      根据提示 ,输入命令:import brian2, 再输入brian2.test()后,界面停留在 > ,无任何提示。

      输入下面命令进行测试。    

    nosetests brian2 --with-doctest
     提示ERROR: Failure: ValueError (Unable to load tests from file /home/caoj/brian2)  安装貌似失败了!
    安装结束后,需要输入python,进入>>>输入命令。
    >>> import brian2
    >>> brian2.test()
    打印OK。