根据BRIAN的官网(http://briansimulator.org/)上安装流程,选择推荐的BRIAN2版本。(本机配置,linux 32bit 2G内存)
- 对Python不太熟悉,按照流程慢慢走,首先安装了Python的集成环境Anaconda,通过Anaconda来安装BRIAN(需要输入想要的安装路径)。
Python 3.5(https://www.continuum.io/downloads)
bash Anaconda3-4.1.1-Linux-x86_32.sh
执行命令完成安装,并输入 conda 再输入 python 出现以下信息,代表Anaconda安装完成。
Python 3.5.2 |Anaconda 4.1.1 (32-bit)| (default, Jul 2 2016, 17:49:02)
[GCC 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-1)] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
- 安装Brian2
创建一个新的conda环境来运行brian2,这样的好处是可以单独地对brian2更新或者不更新。
conda create --name brianenv biopython
source activate brianenv //切换到新建的brianenv环境中,系统显示 (brianenv) xx@xx ~ $
source deactivate //退回到anaconda root环境
切换到新建的环境中,安装brian2
conda install -c brian-team brian2 //可以直接选择后面的开发版
conda install brian2
conda install matplotlib nose ipython ipython-notebook
安装C++环境,(linux下使用g++ --version查看是否已经安装)
sudo apt install g++
为了能够运行最新开发的代码,可以安装开发板,需要通过conda安装brian-team/dev(开发团队)频道,需要先删除之前安装的brian2.
conda config --remove channels brian-team -f conda remove brian2 conda install -c brian-team py-cpuinfo conda install -c brian-team/channel/dev brian2
完成安装,下面测试BRIAN2是否安装成功。
根据提示 ,输入命令:import brian2, 再输入brian2.test()后,界面停留在 > ,无任何提示。
输入下面命令进行测试。
nosetests brian2 --with-doctest
提示ERROR: Failure: ValueError (Unable to load tests from file /home/caoj/brian2) 安装貌似失败了!
安装结束后,需要输入python,进入>>>输入命令。
>>> import brian2
>>> brian2.test()
打印OK。
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