都是设计网页的。 
都可以添加ASP.Net文件夹 

web应用程序Default.aspx显示有两个原有文件及Default.aspx.cs和Default.aspx.designer.cs;Web网站Default.aspx显示有一个原有文件Default.aspx.cs。 
web应用程序有重新生成和发布两项;Web网站只有一个发布网站。 
web应用程序和一般的winform没有什么区别都有引用的是命名空间等;Web网站在引用后出现一个bin文件夹那里存放dll和pdb文件。 
web应用程序可以作为类库被引用;Web网站则不可以作为类库被引用。 
web应用程序可以添加ASP.Net文件夹中不包括bin、App_Code;Web网站可以添加ASP.Net文件夹包括bin、App_Code。 
web应用程序还可添加组件和类;Web网站则没有。 
源文件虽然都是Default.aspx.cs但是web应用程序有命名空间,多了一项System.Collections空间引用。 

Web应用程序在修改了页面底层的代码之后需要重新进行编译 

网站不需要重新编译 

网站可以添加APS文件夹,Web应用程序不可以 

Web应用程序的项目会生成Dll文件 
网站在发布的时候,会自动生成Dll文件,但是每次的Dll文件名都不一样