摘要：
纽约曼哈顿： 曼哈顿图： 曼哈顿图（Manhattan plot）是一种常用于基因组关联分析（GWAS）结果可视化的图表形式。它得名于其类似曼哈顿市天际线的形状。 曼哈顿图以染色体上的位置为横轴，统计显著性（通常是负对数P值或-log10(P值)）为纵轴。每个SNP（单核苷酸多态性）或基因位点在曼哈 阅读全文
posted @ 2023-06-20 23:55
黑逍逍
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摘要：
GLM（Generalized Linear Model）、MLM（Mixed Linear Model）和CMLM（Compressed Mixed Linear Model）都是统计模型，常用于基因组关联分析（Genome-Wide Association Study，GWAS）中。 GLM（G 阅读全文
posted @ 2023-06-20 23:49
黑逍逍
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摘要：
TASSEL（Trait Analysis by aSSociation, Evolution and Linkage）是一个用于遗传数据分析的开源软件套件。 TASSEL提供了一系列工具和算法，用于进行关联分析、群体结构分析、基因型-表型关联分析等。 TASSEL最初是由康奈尔大学开发的，旨在支持 阅读全文
posted @ 2023-06-20 23:48
黑逍逍
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摘要：
https://www.cog-genomics.org/plink/ ./plink --file toy --freq --out toy_analysis ./plink --file 输入的文件名 相应的处理 --out 输出的文件名 阅读全文
posted @ 2023-06-20 23:39
黑逍逍
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摘要：
Plink（整体用大写字母 PLINK 表示）是一种用于进行遗传数据分析的开源软件。 它是一个功能强大且广泛使用的工具，主要用于关联分析、基因型质量控制、遗传多样性分析、遗传模型拟合等。 Plink 最初是作为一个基因关联研究工具开发的，可以帮助研究人员在基因组数据中寻找与特定性状或疾病相关的基因变 阅读全文
posted @ 2023-06-20 23:03
黑逍逍
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