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2019年3月25日
如何在Ubuntu 16.04上安装PythonGDAL 2.1?
摘要: https://gis.stackexchange.com/a/193828/66527 可以从GIS Internals下载适用于Windows的GDAL 2.1 。有一个安装程序和一个不需要安装的便携版本。 GDAL 2.1可以从UbuntuGIS-Unstable PPA下载到Ubuntu 1
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posted @ 2019-03-25 16:54 xjce
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2019年3月8日
【python】文件处理行与行之间的内容
摘要: 在处理文本文件时,很多时候需要我们处理跨行的数据,但是用for循环处理不是很方便,想了一个歪招来处理不是很大的数据。 核心思想就是将上一行的东西存在一个列表里,到下一行用完这个数据在循环体里将列表初始化,再将这行数据存到列表里,这样循环就可以把两行数据联系起来。 另外这样做的还有另外一个好处,就是可
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posted @ 2019-03-08 09:57 xjce
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2019年1月13日
【annotation】非人类物种基因组注释(MSU为例)
摘要: 基因组注释工具ANNOVAR是一款非常好用的注释软件,功能强大,输出数据简单美中不足就是对于非人类物种来说UI不够完善,因此总结一下整个注释的过程,帮助别人快乐自己。 首先我们需要明确我们需要的数据和软件: 数据包括: 这样就是所有的输入文件了,现在我们列举一下需要用到的软件: 有了这些我们就可开始
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posted @ 2019-01-13 10:53 xjce
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2019年1月5日
【shell】awk按域去除重复行
摘要: 首先解释一下什么叫“按域去除重复行”: 有的时候我们需要去除的重复行并不是整行都重复,两行的其中一列的元素相同我们有的时候就需要认定这两行重复,因此有了今天的内容。 去除重复行shell有一个原生命令但是不太好使应为这个命令找的重复行是上下文的重复行,也就是说需要提前排序,这样就增加了不必要的麻烦,
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posted @ 2019-01-05 16:07 xjce
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2018年12月26日
【Rice】Cultivar versus Variety
摘要: From Cindy Haynes, Department of Horticulture As a horticulturist, it is important that I use the right terms the right way (at least most of the time
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posted @ 2018-12-26 16:41 xjce
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2018年12月18日
【ubuntu】-桌面假死的解决办法
摘要: 第一,通过ctrl+art+F1(1-6),启动本地终端 切换到了字符界面tty1 第二,查询进程,ps -e |grep tty7 得到tty7的pid号 第三,杀死tty7的进程 , kill 9 pid 这样就回到了,登陆界面,输入用户名的密码就回到了正常的图形界面。 转载自简书http://
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posted @ 2018-12-18 13:16 xjce
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2018年12月12日
【sed】增加一列【shell文本处理】
摘要: 有些简单的文本处理不需要写程序,利用awk和sed就可以很好的完成。 今天记录一下在已有文件中增加一列的方法 这里 -i 是写入原文件,而&用来决定行首还是行尾 在使用$传参的时候不能用单引号要用双信号。
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posted @ 2018-12-12 16:10 xjce
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2018年9月12日
【awk】用awk将Fasta文件序列变成一行
摘要: awk: awk '/^>/&&NR>1{print "";}{ printf "%s",/^>/ ? $0" ":$0 }' YourFile sed: sed -n '1{x;d;x};${H;x;s/\n/ /1;s/\n//g;p;b};/^>/{x;s/\n/ /1;s/\n//g;p;b};H' YourFile
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posted @ 2018-09-12 10:15 xjce
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2018年8月23日
【数据下载】利用wget命令批量下载ftp文件和文件夹
摘要: 这是一个“”数据大发现”的时代,大家都在创造数据,使用数据以及分享数据,首先一步我们就需要从数据库download我们需要的数据。 Ftp是一种常见的在线数据库,今天介绍一种可以批量下载文件夹的方法,也是shell中常常用到的wget命令: 这是完整的参数,可以按需使用。 这里介绍一个例子,我们想要
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posted @ 2018-08-23 16:07 xjce
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2018年8月21日
【shell】shuf命令提取文件的随机行
摘要: shuf命令可以随机提取一个文本文件的不同行,输出到文件或者标准输出中。 例如:提取一个input.txt中的随机20行
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posted @ 2018-08-21 16:45 xjce
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