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摘要： 文件夹不存在则创建 if [ ! -d "/data/" ];then mkdir /data else echo "文件夹已经存在" fi 文件存在则删除 if [ ! -f "/data/filename" ];then echo "文件不存在" else rm -f /data/filenam 阅读全文

摘要： 1，第一列按照染色体编号进行排序 2， 第二列和第三列按照数字序进行排序。使用-n sort -k1,1V -k2,2n -k3,3n target_interval.bed > sort.bed其中-k选项是指定第几列。 阅读全文

摘要： #!/bin/bash count=0 #每次累加1 count=$((${count} + 1)) 实在太经典了忍不住记下来，非常有用。 阅读全文

摘要： 在参数调优的过程中，不同个体数的样本组合需要计算，但是一个一个用for来穷尽组合的可能显得太过笨拙，查到可以用itertools中的combinations模块来处理类似的问题： from itertools import combinations from sys import argv impo 阅读全文

摘要： awk 'NR==FNR{a[$1,$2];next} !($1,$2) in a' file1 file2 阅读全文

摘要： 参考博文：https://zhuanlan.zhihu.com/p/428316843 转载请注明出处 1. 下载安装包： nextflow可以通过bioconda安装，所以这次我们只需要下载nf-core/rnaseq的安装包即可： mamba create -n nextflow nextflo 阅读全文

摘要： sed -e 's#\(.\)#\1\n#g' shell不同于python，不能方便地遍历字符串中的所有字符，使用上面的代码可以遍历字符串中的每个字符，最后分行输出。 通过下面这组代码就可以遍历到文件中的每个字符然后看看里面有多少个"*" for i in `ls a.txt` do cat $i 阅读全文

摘要： #! /bin/bash function read_dir(){ for file in `ls $1` #注意此处这是两个反引号，表示运行系统命令 do if [ -d $1"/"$file ] #注意此处之间一定要加上空格，否则会报错 then read_dir $1"/"$file else 阅读全文

摘要： 很多时候使用grep批量处理一些东西需要接受上一个文件的一列数据，这个时候需要通过管道传递数据方法如下： cat fileA.txt | awk '{print $1}' | xargs -i grep {} fileB.txt > result ##此处使用文件A的第一列在文件B中寻找一样的列输出 阅读全文

摘要： awk使用shell变量1."'$var'" 单引号在里双引号在外#!/bin/bashvar="test"awk 'BEGIN{print "'$var'"}'这种写法要求变量var中不含有空格。若var中含有空格，那么就要用 “‘“$var”’” 这种写法亲测有效 2.export变量，然后用E 阅读全文