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随着人们对农作物性状的遗传规律、调控基因功能及发育规律等方面的深入研究，以及生物、信息、新材料、自动化等科学技术的快速发展农作物育种技术正在发生着巨大变革，已经从单一的生物学领域向多领域多学科渗透和发展。截至目前，育种模式的发展已经历了三个阶段，并且逐渐进入第四阶段。 育种1.0时代或者农家育种阶段 阅读全文
posted @ 2024-06-16 15:44
生物信息与育种
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几年前做的机器学习与R语言相关笔记，迁移到公号记录之。 1-机器学习简介 2-懒惰学习K近邻（KNN） 3-概率学习朴素贝叶斯（NB） 4-决策树 5-规则学习算法 6-线性回归 7-回归树和模型树 8-神经网络 9-支持向量机 10-关联规则 11-Kmeans聚类 12-如何评估模型的性能？ 1 阅读全文
posted @ 2024-06-16 15:27
生物信息与育种
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从去年年末开始到现在，大语言模型（Large Language Models，LLM）热度依旧不减。 有实力烧钱的机构在训练自己的LLM，没实力想凑热闹的更聚焦在垂直领域的应用上，绝大多数企业属于后者。 每个行业多多少都有人在做基础模型的微调和打造私有知识库，以期不被时代抛弃。 医疗、法律、金融、教 阅读全文
posted @ 2024-06-16 15:15
生物信息与育种
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简介 不同划分方法： 自交和回交群体 人工和自然群体 双亲和多亲群体 遗传和育种群体 临时性和永久性群体 初级和次级群体 遗传分析中常用作图群体来构建遗传图谱或进行基因定位。作图群体是进行QTL定位的基本材料，其基本步骤如下： 首先选择在目标性状上差异较大的亲本，选择一种杂交策略构建分离群体； 记录 阅读全文
posted @ 2024-06-16 14:57
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今年4月，华中农业大学焦文标团队在Genome Biology上发表论文：A comprehensive benchmark of graph‑based genetic variant genotyping algorithms on plant genomes for creating an a 阅读全文
posted @ 2024-06-16 11:25
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作物模型提出很早，但应用有限。看起来复杂，其实解决的是环境与表型间的关联，可参考前期推文：作物生长模型CropGrow。环境组的复杂，关键在于数据的准确性获取。对于数据分析人员来说，如果不care数据准确性，分析其实很简单的，就是经典的机器学习流程。 这里提供一段伪代码仅供参考。 1. 导库 imp 阅读全文
posted @ 2024-06-16 11:24
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近日，中国农科院植保所联合扬州大学、湖南农大等在中国工程院主刊 Engineering （一区top, IF=12.8）上发表了题为《Development of Machine Learning Methods for Accurate Prediction of Plant Disease Re 阅读全文
posted @ 2024-06-16 11:22
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本文来自CABI的一篇综述要点。文章探讨了通过选择、杂交、诱变和重组实现的新的遗传变异性，以及植物育种技术创新如何为作物改良提供更精准和更高分辨率的方法。 引言 随着全球人口的增长和气候变化带来的挑战，粮食安全成为全球关注的重点。预计到 2050 年，世界人口将达到 100 亿，这要求我们不仅要养活 阅读全文
posted @ 2024-06-16 11:21
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分享来自张学勇老师的一篇综述。 遗传多样性是一个物种在自然界生存的基础，也是作物遗传改良的基石。经过近100年的考察、收集、评价、编目、入库，全球收集种质资源约740万份，存放在1750个种质库中；我国收集各类作物种质资源总量达50万份。丰富的资源一方面为作物改良奠定了基础，另一方面也带来了困扰，即 阅读全文
posted @ 2024-06-16 11:20
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北京市农林科学院信息技术研究中心赵春江院士团队联合华中农业大学杨万能教授团队发布在PBJ上的综述文章：Plant microphenotype: from innovative imaging to computational analysis，深入探讨了植物微观表型（microphenotype） 阅读全文
posted @ 2024-06-16 11:18
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分享一篇水稻种质资源创新研究与利用的相关综述，内容比较全面，包括了我国水稻种质资源收集、评价与精确鉴定、水稻新品系创制、水稻杂种优势利用、水稻种质创制新技术、新方法以及水稻优异基因资源的挖掘与利用等方面。 截止到2023 年，我国保存的作物种质资源有超过54 万份，其中有8 万多份是水稻种质资源，数 阅读全文
posted @ 2024-06-16 11:09
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本综述系统梳理了近20年来开发的水稻生物信息数据库和在线分析工具，并基于内置数据集和功能对它们进行了分类和总结。 水稻基因组数据库 水稻转录和转录后调控数据库 水稻基因网络数据库 水稻种质资源信息数据库 水稻常用的基因编辑系统 水稻基因编辑生物信息工具与数据库 水稻智能育种生物信息工具 专家简介: 阅读全文
posted @ 2024-06-16 11:07
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全球主要可用的高通量表型分析设施列表 参考1 参考2 来源：赵春江，植物表型组学大数据及其研究进展 参考3 来源：High-Throughput Phenotyping: A Platform to Accelerate Crop Improvement 阅读全文
posted @ 2024-06-16 11:06
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4 月在南京参加了第七届全国玉米生物学学术研讨会，诚如大会名字所言的“学术研讨”，邀请了国内外相关领域具有重要学术影响力的专家学者和优秀青年科学家进行学术报告及成果展示，与育种产业相关的内容很少。但能够看到的是，接地气的研究越来越多（最多的还是功能基因组学研究），学术与产业融合得越来越紧密。 今年（ 阅读全文
posted @ 2024-06-16 11:05
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品种是玉米高产的基础，进一步提高品种耐密性和种植密度是提高玉米单产的关键。 在近80 年中，美国玉米单产提升了近8 倍，这个过程中种植密度从平均每亩2000 多株增加到近6000 株，种植密度贡献显著。 我国高产玉米新品种更新迭代过程中，玉米株型也逐渐从平展型演变成紧凑型，品种的耐密性明显提高，但和 阅读全文
posted @ 2024-06-16 11:04
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2024年世界农业科学大学最新排名是由EduRank.org网站数据整理翻译而来，根据农业科学研究表现排名得到的世界最佳大学名单。 不同于常见的世界大学排名如QS、USNews等，EduRank学科专业排名主要由Publication + Citation组成的学术性排名，根据全球4195 所大学发 阅读全文
posted @ 2024-06-16 11:03
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植物和动物在GS实施上有很大的差异，这一点很多学者做过系统的比较，只能说各有优劣。不管如何，动物的GS走在了前列，有很多地方值得植物借鉴。 GS技术最早在奶牛育种得到广泛应用，因此我们来看看奶牛GS的发展及国内外现状。 2001年，Meuwissen等首次提出GS的概念，其基本思想是利用覆盖个体基因 阅读全文
posted @ 2024-06-16 11:03
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昨天被首个种业大语言模型“丰登”刷屏，崖州湾实验室、中农、上海AI实验室三家单位共同发布，官方报道侧重各有不同，这里放到一起看看。没测试，不做评价。 崖州湾实验室发布 4月28日，崖州湾国家实验室精准设计与智造团队，中国农业大学和上海人工智能实验室共同发布了首个种业大语言模型“丰登” ，英文名称La 阅读全文
posted @ 2024-06-16 11:02
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大语言模型LLM综述文章《A Survey of Large Language Models》已经更新到第13个版本。该综述系统梳理LLM的研究进展与核心技术，讨论了大量的相关工作。 2023年12月底作者们继续启动了中文书的编写工作，并且于近期完成初稿。与英文综述定位不同，中文书籍更注重大模型技术 阅读全文
posted @ 2024-06-16 11:00
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近日，《生物技术通报》特邀浙江大学农业与生物技术学院陈露研究员（原严建兵老师学生）团队发表综述《玉米野生种基因组研究进展及应用》。本文主要综述了大刍草的基因组进化、数量遗传学、群体遗传学等方面的研究进展，同时对大刍草在未来玉米遗传育种中的应用进行了展望。 玉米的野生近缘种，被统称为大刍草（teosi 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:59
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摘要：
近日，《生物技术通报》特邀扬州大学农学院徐辰武教授团队发表综述《作物全基因组选择育种技术研究进展》。本文首先分析了影响作物GS功效的主要因素，继而从非加性效应模型、群体构建方案、多性状与多环境预测、多组学预测和育种芯片技术现状等方面阐述了GS技术在作物育种中的研究进展，并指出研究所面临的问题和发展前 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:58
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基因组选择（GS）被认为是加速优良基因型评估和选择的关键方法，可以在传统育种中实施。GS通过基因组预测（GP）模型预测目标性状的基因型值，并在育种方案中使用这些预测值进行选择。GS实现了基于预测基因型值的个体选择和杂交选择，减少了目标性状的田间评估次数，从而实现高效快速的育种。然而，GS本身并不旨在 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:57
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拜耳的数字化农业平台有FieldView，先正达有Cropwise。 FieldView其实来源于孟山都收购的Climate，而Cropwise同样来源于先正达收购的Strider。 大鱼吃小虾，科技创新小公司最好的归宿好像就是被大厂收编。 先正达的数字农业之路至少在2020年推出Cropwise就 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:56
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尽管基因组预测的育种值通常是基于各种统计方法计算的，如基因组最佳线性无偏预测（GBLUP）、贝叶斯回归模型等，但这些方法通常假设复杂性状受许多微效基因影响，且基因型和表型之间的关系是线性的。虽然有效，但线性假设可能限制了它们在全基因组预测上的表现。 机器学习模型的发展允许进行高维非线性回归，有效捕捉 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:55
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近期，安徽农业大学信息与人工智能学院在期刊 npj | systems biology and applications 上发表论文：Crop-GPA: an integrated platform of crop gene-phenotype associations。提出了Crop-GPA（ h 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:52
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摘要：
背景 现代植物育种是一个数据密集型过程，需要整合和评估多种不同的数据集以支持决策制定。传统的植物育种通过有意的亲本杂交来产生具有优良表型特征的后代，而现代育种方法则结合了标记辅助选择和基因组选择（GS）来增强表型选择。随着高通量表型技术的出现，可以追踪的潜在表型数量大大增加。基因分型技术的低成本化使 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:51
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摘要：
Y叔团队参与开发的一个R包RIdeogram，可用来绘制基因组染色体的可视化图形，如基因密度、分子标记等。 直接上代码。 #install.packages("RIdeogram") library(RIdeogram) data(human_karyotype, package="RIdeogra 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:50
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摘要：
近期，瑞典Rodomiro Ortiz团队在Molecular Plant发表综述：Genomic selection in plant breeding: Key factors shaping two decades of progress，总结了近20年植物基因组选择育种的影响因素和重要进展。 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:49
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分享一个智慧农业开源项目：农场数据中继系统（Farm Data Relay System, FDRS）。这是一个利用现代信息技术，如物联网（IoT）、大数据和云计算等，为农业生产提供数据支持和管理优化的系统。该系统的核心功能是收集、处理和分析农场相关数据，帮助农民更精准地进行作物种植和管理。 两年前 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:48
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摘要：
近期，华中农大严建兵团队在Journal of Genetics and Genomics上发表综述：Engineering the future cereal crops with big biological data: towards an intelligence-driven breedi 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:46
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摘要：
SV鉴定方法概述 近日，范德堡大学发表一篇关于长读长鉴定SV比较的文章。 Tradeoffs in alignment and assembly-based methods for structural variant detection with long-read sequencing data 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:44
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摘要：
farmOS简介 farmOS 是一个基于 Web 的应用程序，用于服务器场管理、规划和记录保存。它由农民、开发人员、研究人员和组织组成的社区开发，旨在为农业数据收集和管理提供标准平台。 farmOS服务器建立在Drupal之上，这使得它模块化、可扩展和安全。farmOS Field Kit 应用程 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:43
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摘要：
油菜综述刚发JIPB（往期：），又见Plant Com，同一家单位同一作物连综述内容都及其相似，这么严重的撞车还能接连发不同的国产期刊，也是少见。 近日，华中农大刘克德&洪登峰团队在Plant Communications上发表了综述：The story of a decade: genomics, 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:42
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摘要：
我们中国人喜欢搞排名，什么事情都要分出个三六九等来。 学术期刊也不例外，尤其作者排名更是伤透了大家的脑筋。 突发奇想，如果把植物科学以及生信相关领域期刊用中国高校等级来划分，会是怎样？ 985级别 清北：CNS正刊当之无愧。从历史影响力和权威性来说，可能Nature>Science>Cell。 C9 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:41
生物信息与育种
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摘要：
几位好友跟我抱怨，现在博士出路太窄，压力太大，去高校越来越难了。 我笑了，博士不缺出路，是你的长衫穿太久了。 在博士眼中，好像只有去高校才是正经的工作，才是唯一的出路。即便考核重重，非升即走，依然义无反顾。 实在不行，那就农科院吧，省级不行，市级总可以吧？ 什么！去企业？不存在。 现状是，明明农学博 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:40
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摘要：
近期，华中农大赵虎&郭亮团队在JIPB上发表发表综述：Functional genomics of Brassica napus: Progresses, challenges and perspectives，总结了近年来油菜功能基因组学的研究进展，包括种质资源、组学数据库和克隆功能基因的可用性以 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:39
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摘要：
近期，拜耳公布了一项开创性的试点计划，引入了一个专业的生成式人工智能（GenAI）系统，旨在提高效率，并增强农艺师的日常工作能力。利用专有的农艺数据，拜耳利用其全球农艺师网络数百年的丰富经验，训练了一个复杂的大型语言模型（LLM）。 GenAI系统代表了农业技术的重大飞跃，可以快速准确地回答与农艺学 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:38
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摘要：
long long ago，小野记录了关于重测序基因定位和GWAS相关的笔记。打开古老的文件夹，发现有些东西依然不过时，零零散散，随意发布。 QTL定位策略： 群体类型：作图群体，自然群体 选材策略：全群个体分析，选择基因型分析，混合分组分析 优点：适合稀有基因研究；群体可控，目的性和结果预期性强 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:36
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摘要：
近日，Wing-Kin Sung(宋永健)博士在Nature Methods发文Creating diploid assemblies from Nanopore and Illumina reads with hypo-assembler，报道其开发的基因组组装新工具hypo-assembler， 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:35
生物信息与育种
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摘要：
摘要：为探究我国智慧农业未来发展的目标、任务与政策，本文基于系统工程学视角，阐释了智慧农业的概念与内涵，介绍了国外智慧农业相关战略布局与行动计划，分析了我国智慧农业发展现状、特点以及与国际上的差距，提出了我国智慧农业未来发展目标、重点任务与政策建议。美、德、英、日等国在农业传感器、农业大数据智能、农 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:35
生物信息与育种
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摘要：
近日朋友圈又被“智慧育种”刷屏了，源自于中国农科院李慧慧老师团队和阿里巴巴联合在Mol Plant上发布的首个全流程智慧育种平台。详见：Mol Plant | 中国农科院作科所和阿里巴巴联合发布首个全流程智慧育种平台，恭喜李老师！ 据网上资料显示，中国农科院作科所与阿里巴巴（公益）于2021年达成合 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:33
生物信息与育种
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摘要：
分享一篇近期来自华中农大王旭彤老师（即SoyDNGP作者）的综述，以SoyDNGP为例。建议参考之前的推文：基于深度学习框架的基因组预测新模型SoyDNGP。 摘要 人工智能（AI）与作物育种的结合代表了向数据驱动型农业实践的范式转变，旨在提高作物改良的效率和精度。本文对大豆深度神经网络等基因组预测 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:32
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摘要：
通过代码指导 Minimmap2 基因组比对和 seq-seq-pan 泛基因组比对，并在 R 中进行可视化。本教程提供了一个示例，该示例使用Heliconius butterflies中optix基因位点的两种单倍型。 教程： https://stevenvb12.github.io/ 代码： h 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:29
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摘要：
mapmixture简介 群体结构（admixture）绘图，R包pophelper是神器（https://github.com/royfrancis/pophelper），立个flag，下次投稿。今天给大家介绍的是另一个R包mapmixture，同样可绘制群体结构图，并与地图分布相结合。小小R包竟 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:28
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摘要：
近日，扬州大学张韬团队在aBIOTECH发表综述“Integrating machine learning and genome editing for crop improvement”。 随着大数据的积累，越来越多基于机器学习的方法被应用于植物科学研究，包括功能性基因和调控元件的挖掘，蛋白质结构 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:27
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摘要：
在基因组选择领域，"准确性"（Accuracy）和"预测能力"（Prediction Ability）是两个常用的评价指标，用于衡量基因组选择模型的性能。 在学术研究中，两者都有用到，但没有明显区分，容易出现混用情况。 以下是一篇文章中的定义： https://bmcgenomics.biomedc 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:26
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摘要：
本文旨在比较机器学习方法在基因组预测中的表现，并评估其对高维数据的处理能力。作者使用了正则化回归、深度学习、集成和实例基础学习等不同类型的监督学习方法，分别应用于模拟动物育种数据集和三个实际玉米育种数据集中。 结果表明，机器学习方法的表现和计算成本取决于数据和目标性状，简单线性混合模型和正则化回归方 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:25
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摘要：
如题，如何从vcf文件中快速提取基因型Genotype，得到基因型表格文件？ vcf作为标准的存储变异的文件格式。虽是标准格式，但可扩展性极强，变异属性可随意添加，真是很妙的设计！其实vcf格式和vcftools软件文章发表也不过13年而已。 基因型矩阵，类似于HapMap格式，市场上大多数芯片也是 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:24
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摘要：
中国农业科学院作物科学研究所联合国际玉米小麦改良中心（CIMMYT）等单位在《The Crop Journal》发表论文：Genomic prediction of yield performance among single-cross maize hybrids using a partial 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:23
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摘要：
最近国人有几个新的基因定位方法发表，记录下备忘。 Mol Plant | 中国农科院蔬菜所开发异交物种基因高效定位的新算法工具OcBSA 经典的基因位点快速定位方法Bulked Segregant Analysis（BSA，集群分离分析法）具有适用范围广、实验成本低的优势，但现有BSA算法（例如SN 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:21
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摘要：
近日，四川农业大学刘登才组在《The Crop Journal》发表了综述文章：Towards cultivar-oriented gene discovery for better crops，回顾了引起基因发掘与品种创新“脱节”的几个常见问题，并提出了一些建议。 许多基因在论文中被描述为有利于提 阅读全文
posted @ 2024-06-16 10:19
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