植物抗病研究新资源|PlantRG数据库上线,200万+抗性基因一键获取

植物病害每年造成全球粮食作物10%-40%的产量损失。小麦、水稻、玉米、马铃薯、大豆无一幸免。

抗病基因是植物抵御病原入侵的核心武器。但随着测序数据爆发式增长,研究者面临新问题:数据分散、格式不一、分析工具缺失。

今天分享一个刚上线的实用资源:PlantRG。

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PlantRG是什么?

这是一个专注植物抗性基因的综合数据库,收录了1062个植物物种的216万多个抗性基因。数据来自794篇已发表论文和107个公共数据库,经过系统整理和质量控制。

核心数据一览

  • • 抗性基因总量:2163397个

  • • 主要类型覆盖:CNL、TNL、RLP、RLK四大类

  • • 功能注释:基于Nr、Pfam、Swiss-Prot、TrEMBL、GO五大数据库

  • • 关联资源:20万+ SSR标记、14万+ miRNA、CRISPR引导序列、基因重复类型分析

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你能用它做什么?

浏览模块支持按物种分类树快速定位目标植物,点击即可查看该物种所有抗性基因列表。

基因详情页整合了序列信息、结构域组成、功能注释、重复类型、系统发育树,还有相关文献链接。

需要分析工具?数据库内置了5个实用功能:

  • • Blast:同源序列搜索

  • • HmmerSearch:结构域批量鉴定

  • • CasViewer:CRISPR引导序列可视化

  • • Circos:基因组共线性展示

  • • Primer Design:引物在线设计

所有数据支持批量下载,FASTA格式,直接用于下游分析。

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特别适合这些场景?

  • • 比较基因组学:跨物种抗性基因家族演化分析

  • • 功能基因组学:候选基因筛选与注释

  • • 分子育种:SSR标记开发、抗病位点挖掘

  • • 非模式植物研究:填补传统数据库的物种覆盖空白

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访问方式

网站地址:http://plantrg.bio2db.com

完全开放,无需注册,数据免费使用。

写在最后

植物抗病研究正在从单基因走向全基因组,从模式物种走向多样本。PlantRG的出现,让大规模抗性基因挖掘变得简单。

如果你正在做作物抗病育种、植物免疫机制或比较基因组相关研究,不妨去试试这个新工具。

有使用体验欢迎在评论区交流。

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参考文献:He J et al. PlantRG: A Comprehensive and User-Friendly Database for Plant Resistance Gene Analogs. Plant Biotechnology Journal, 2026

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posted @ 2026-06-03 09:10  生物信息与育种  阅读(18)  评论(0)    收藏  举报