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(0)安装注意 安装过程中 (1) 禁用 CD ROM 存储库 如果您碰巧使用 DVD 安装 Debian 11，那么每次您选择更新任何内容时，它都会抛出一个错误消息，表示存储库 cdrom 没有发布文件。 禁用 CD 存储库： 打开终端，切换到 root 用户，然后从 /etc/apt/sourc 阅读全文
posted @ 2023-01-13 16:16
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Amber是一套程序的总称，它允许用户进行分子动力学模拟，特别是对生物大分子进行模拟。Amber中没有一个单独的程序使用这个名字，但是各个部分协同工作，并为许多常见的计算提供一个强大的框架平台。术语Amber也被用来指代Amber软件开发实现的经验力场。然而，应该认识到，代码和力场是分开的：其他几个 阅读全文
posted @ 2022-12-19 22:57
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PDB中经常存在缺失loop信息，可以使用Schrodinger软件的Protein Prepare Wizard 进行loop的修复。PDB中不存在缺失loop信息时，可以使用Schrodinger软件的Crosslink proteins进行loop的修复。但是当缺失loop残基数超过20时，这 阅读全文
posted @ 2022-12-19 15:57
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Multisim工作流程在.msj文件中定义，由几个部分组成。每个部分定义了一个阶段，其中至少有一个子任务被执行。.msj文件通常遵守D.E.Shaw Research的Ark格式。这与Desmond配置（.cfg）文件中使用的语法相同。 Ark格式的语法规则可以归纳为以下几点： 用keyword 阅读全文
posted @ 2022-12-14 11:26
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本手册描述了在Schrödinger环境中通过命令行使用Desmond的情况：使用Schrödinger作业控制设施运行作业所需的程序、实用程序和文件。Desmond后端在执行作业时使用其他文件和语法，如结构文件和配置文件。要在薛定谔环境中运行作业，你不需要直接处理这些文件。 在Linux下的GPU 阅读全文
posted @ 2022-12-09 16:51
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摘要 对溶液中的蛋白质进行了从头量子力学计算，以产生极化的特定蛋白质电荷（PPC），用于蛋白质的分子动力学（MD）模拟。通过开发基于片段的量子化学方法和隐式的连续溶剂模型，使蛋白质的量子计算成为可能。蛋白质的计算电子密度被用来推导PPCs，这些PPCs代表了蛋白质在原始结构附近的极化静电状态。这些P 阅读全文
posted @ 2022-12-08 16:18
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1.简介 Desmond是由D. E. Shaw Research开发的显性溶剂分子动力学程序。Desmond是从头开始创建的，重点是准确性、速度和可扩展性。它支持现代分子动力学程序中许多最受欢迎的功能，包括： 在GPU上高度可扩展的并行执行 使用立方体、正方体和三棱体模拟盒进行具有周期性边界条件的 阅读全文
posted @ 2022-12-06 20:17
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概述 复制粘贴是文本编辑最常用的功能，但是在vim中复制粘贴还是有点麻烦的，有一点学习成本。本文总结了使用vim复制粘贴的典型场景和使用方法，希望对读者有帮助。 vim内部复制、粘贴、剪切 选择文本 v+光标移动 （按字符选择）高亮选中所要的文本，然后进行各种操作（比如，d表示删除）。 V （按行选 阅读全文
posted @ 2022-12-05 21:20
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1. 简介 os就是“operating system”，os模块提供各种 Python 程序与操作系统进行交互的接口，从而可以与操作系统进行交互。 注意，如果是读写文件的话，建议使用内置函数open()；如果是路径相关的操作，建议使用os的子模块os.path；如果要逐行读取多个文件，建议使用fi 阅读全文
posted @ 2022-12-05 16:41
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1. 简介 “sys”即“system”，“系统”之意。该模块提供了一些接口，用于访问 Python 解释器自身使用和维护的变量，同时模块中还提供了一部分函数，可以与解释器进行比较深度的交互。 2. 变量和函数 sys模块常用的变量和函数及其功能见下表： sys.argv 获取运行Python程序的 阅读全文
posted @ 2022-12-03 15:31
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